共和国早期对待印第安人和非裔美国人的政策展现了影响美国民族性相互冲突的原则。美国领袖们一致认为，西部领土不能留在印第安人手中，但对印第安人的最终命运，他们却有不同的看法。政府希望鼓励白人社区向西部移民，但这样做意味着三种结果的一种必将发生：将印第安人强行迁移到更为遥远的西部地区；印第安人的彻底消失；或者将印第安人纳入白人"文明"之中，希望他们在将来某个时候变成美国社会的一部分。
许多美国白人（也许大多数）将印第安人视为野蛮人，不适合成为美国公民。印第安人部落在新政府中没有代表权，宪法也以不对印第安人"征税"为由，将他们排除在计算和决定各州国会议员人数的人口基数之外。部落条约给予了他们在美国政治体制一种特殊的地位。然而，尽管条约承认他们的主权地位，但条约的主要目的是为了将土地从印第安人手中转移到联邦或州政府手中。经常发生的情况是，条约是与一个部落中的一部分人所签订的，但最终全部落的人都得被迫接受条约的合法性。
图 印第安人
华盛顿政府时期，战争部长亨利·纳克斯希望在处理印第安人的事务时尽量不要使用战争的手段，尽量不要有损于新国家的信誉。他在1794年说，他认识到美国对北美大陆土生土长居民的处理方式比起西班牙人在墨西哥和秘鲁的行为对"印第安人造成了更大的毁坏"。他的和解性政策带来了复杂的结果。国会禁止在没有联邦政府批准的情况下转让印第安人的土地，但一些州却无视国会的法律，继续就获得土地问题与印第安人进行谈判。
与印第安人的公开战争一直在俄亥俄河流域进行。1791年，迈阿密联盟的领袖利特尔·特特尔（LittleTurtle）对西北领土总督阿瑟·圣克莱尔（ArthurSt. Clair）将军指挥的美国军队发动了一场令美国人极为丢脸的重创。这场攻击致使630名美国人丧生，是美国军队在与印第安人交锋中所付出的最为昂贵的损失。1794年，安东尼·韦恩（AnthonyWayne）指挥的3000人美国军队在法伦提莫斯战斗（Battleof Fallen Timers）中击败了利特尔·特特尔的队伍，从而导致了1795年《格伦维尔条约》（Treatyof Greenville）的签署。根据这部条约，12个印第安人部落将俄亥俄和印第安纳的大部分土地割让给了联邦政府。这部条约同时建立起一条"年金"制度------即由联邦政府给印第安人部落发放年度津贴，这项措施使政府对于部落内部事务的影响逐渐走向体制化，赋予外人控制印第安人生活的实际权力。
许多重要人物并不接受印第安人生来比美国白人更为低贱的思想。托马斯·杰斐逊相信，印第安人暂时生活在一个不太发达的文明阶段。只要放弃原始公有土地拥有制度和狩猎生活方式，接受小规模的农业生产方式，印第安人完全可以成为共和国的标准成员。杰斐逊曾对一个印第安人部落说，他们一旦"拥有了财产"，他们就可以"加入我们的政府"，而且甚至可以将"你们的血缘与我们的混杂在一起"。
为了追求同化印第安人的目标，18世纪90年代，国会授权华盛顿总统给印第安人男性发放农业耕作的工具和牲口，给印第安人女性发放纺车和纺纱。对于白人来说，接受美国人的性别分工模式------即男性在外耕作土地，女性在内操持家务------即可成为印第安人逐渐被开化进入"文明状态"的重要象征。美国文明的概念要求印第安人的生活做出如此巨大的转型，许多部落拒绝接受这种转型。一个白人传教士被告知说，"如果我们想工作，我们知道怎么按照我们自己喜欢的方式去工作。"对于印第安人来说，自由意味着保留部落自主自治的传统和自身的认同，包括为狩猎而周游各地的能力。1796年，一位莫霍克族的发言人宣称道："自从我们与我们的白人兄弟开始交往以来，我们所称的自由和权利，对我们来说，已经变成一种面目全非的概念了。"对于期望保留传统生活方式的印第安人来说，美利坚自由帝国已经没有能够容纳他们的空间了。