杰斐逊担任驻法大使期间，美国的马塞诸塞州爆发了谢司起义（Shay’s Rebellion,1786-1787）。
参加过革命战争的军人谢司率领1200人攻击了当地联邦军的火药库，但被击退。起义的原因是小农无法负担沉重土地税和高额的诉讼费，面临失去财产、因无法偿还债务而入狱的危险。杰斐逊得知此事，写信给大陆会议议员、未来的总统詹姆斯·麦迪逊，主张对起义者实行宽大处理。在信中他讨论了三种社会形式。第一种是无政府社会，如印第安人的社会。第二种是有政府社会，其中每一个公民都有使自己的意愿发挥影响的渠道。英国社会在较小程度上是如此；美国在更大程度上是如此。第三种是专制政府，是狼群治理羊群的政府。这种形式无疑是邪恶的、不可取的。第一种社会形式是否最好，不能肯定，但对于人口众多的社会来说，是不适宜的。第二种形式具有很多优势。它使社会中的大多数成员能够享受自由和幸福。但它也有弊病，其中最大者是易于发生骚动。但与专制政府的统治下受到的压迫相比较，这一弊病则微不足道了。杰斐逊说，如果要他选择，他宁可要动荡的自由，而不要安定的奴役。甚至这一弊病也会产生良好的后果。它可以预防政府的腐化变质，培养公众对政治的关注。杰斐逊认为，偶尔发生一些小规模的动乱，是一件好事，在政治生活中是必要的，正如暴风雨在自然界中是必要的一样。民众起义本身表明他们的权利受到了侵蚀；镇压起义，会使他们的权利受到进一步的侵蚀。动乱是使政府保持健康的一剂良药。正直的政府官员应对起义者宽大处理，不要采取高压政策。这封信充分表现出一个杰出政治家的高瞻远瞩和宽广的胸怀。
图 托马斯·杰斐逊硬币像
由于杰斐逊等人的影响，谢司起义的参加者后来都被赦免。谢司本人先被判处死刑，但一年后也被赦免。
杰斐逊对奴隶制口诛笔伐，自己却拥有奴隶。虽然当时废除奴隶制时机尚未成熟，但释放自家的奴隶似乎并非难事。即使像他那样的伟人，也难以摆脱历史的局限。