19世纪中叶，因国家受到奴隶社会和自由社会的撕裂，美国遭遇了历史上的最大危机。一个新的国家从内战中得以诞生，奴隶制被废除，对所有美国人而言，自由的内涵也发生了转换。
尽管一些建国者们曾希望奴隶制会自然消亡，但事实上随着19世纪的发展，奴隶制在规模和经济重要性方面都在增长。奴隶制随着年轻的共和国向西部蔓延扩张，奴隶人口在1860年时达到了400万。奴隶制在北部被废除之后，逐渐演变成为一种南部的“特殊体制”；在它的基础上，南部在经济结构和社会价值观方面愈加发展成为一个与美国其他区域不同的社会。那些主导南部生活的种植园主对联邦事务也施加了巨大的影响力。他们发展出一套为奴隶制进行辩护的理论，声称奴隶制是白人公民享有真实自由的基础。与此同时，奴隶们也通过世世代代的努力，抱着终将一日从奴役中获得解放的希望，培育出一种半自治的文化。尽管如此，在某种意义上，奴隶制仍然是一种全国性的体制。奴隶们种植的棉花，不仅是奴隶主们所拥有财富的源泉，也为迅速发展的北部纺织业提供了原材料，同时还是美国最重要的出口商品。
19世纪20、30年代，众多社会运动在美国兴起，力图改革美国社会。这些运动主要受到第二次大觉醒的激发而产生。这场宗教复兴活动席卷了北部和南部，不仅为打算赎罪的人提供了一条获救之途径，也推动了总体社会的改革。一些改革运动是全国性的，另外一些仅发生在北部。北部改革运动中最为显著的是一个新的激进运动，它要求立即废除奴隶制和将黑人作为平等公民纳入共和国的体制。废奴主义者推动美国人把对自由问题的讨论集中在自由与奴隶制所构成的尖锐矛盾之上。他们提倡一种新的对自由的理解，即自由意味着能够控制个人的身体，能够作为平等的一员参与社会和政治生活。他们不仅帮助把奴隶制问题推进到国家政治的中心位置，而且还在一些北部妇女中激发起一系列抗议活动；通过参加废奴主义活动，妇女们开始就自身所面临的缺少法律权利、教育机会和经济机会的状况提出了抗议。
19世纪40年代，奴隶与自由社会的冲突进入到美国政治的中心舞台。这是美国领土扩张的结果之一。美墨战争使美国获取了大片新的领土，也将奴隶制是否能够继续向西部扩展的问题提了出来。到19世纪50年代，这个问题最终葬送了辉格党，削弱了民主党，并创造了共和党这个完全崭新的政党，后者的目标是将奴隶制限制在该制度已经存在的各州范围内。共和党人竭力颂扬基于“自由劳动”原则之上的北部社会，认为其较之基于奴隶制之上的南部社会更为优越；1860年，他们选举亚伯拉罕·林肯担任总统，尽管林肯在南部大多数州内没有得到任何选票。7个南部州因林肯的当选而退出联邦，另外组成一个新的国家，即美利坚邦联国（Confederate States of America）。当南部军队向位于查尔斯顿港湾由联邦军队控制的萨姆特要塞（Fort Sumter）开炮时，他们打响了内战的第一枪，开始了这场迄今为止美国历史上最为血腥的冲突。
内战以一场捍卫联邦生存的斗争为起点，最终变成一场解放奴隶的运动，它为美国带来了林肯所称的“一个自由的新生”。内战的前两年，北部未能赢得军事上的胜利，但成千上万的奴隶们却采取行动，逃离种植园，进入由联邦军队控制的区域，这一切推动林肯政府走上了解放奴隶的道路。林肯的解放黑奴宣言于1863年1月1日颁布，尽管宣言在公布之日所解放的黑奴为数不多，但它却成为内战的转折点，因为它第一次宣称此后的联邦军队将扮演自由的使者（an agent of freedom）的角色。同时，宣言也第一次授权征召黑人男性加入联邦军队，提出了战后黑人公民权的问题。
内战之后的重建时期是一个充满激烈政治和社会冲突的时代，自由的定义和谁有权享有自由的问题在其中扮演了核心的角色。前奴隶们认为，自由意味着享有与白人同等的权利和机会以及完全彻底地融入美国社会。他们同时要求政府保障他们获得土地的权利，为他们的自由提供一个经济基础。大多数南部白人则认为，黑人应返回到种植园中去劳动，只能享有有限的政治和社会权利。林肯的继任人安德鲁·约翰逊对这种观点表示赞同。北部共和党人的大多数则认为，获得解放的奴隶应该享有与白人同等的权利。1867年，他们赋予南部黑人以投票权。重建时期，共和党人改写了法律和联邦宪法，将所有美国人不分种族享有平等公民权的理想纳入其中。这是对自由内涵的一种极为激进的扩展。
在南部，重建经历了一个黑人与白人同时行使投票权并担任公职的短暂时期，这是跨种族民主政治的一个伟大实验。另一方面，因为北部不愿意重新分配土地，前奴隶们未能获得他们所期望的经济自由。其结果是，在惨遭内战破坏的南部，大多数前奴隶们以及数量不断增加的大量白人被迫成为分成租佃制农业工人，他们只能在他人拥有的土地上工作。然而，重建时期的一些真实的进步和建树，如对教育渠道的改良、政治权利的运用以及诸如独立教会等黑人社会体制的创建等，却引发了白人至上主义原则支持者的暴力反应。19世纪70年代，北部开始从原有的促进建立种族平等的立场上后撤。重建于1877年结束。此后，前奴隶们曾获得的许多权利遭到侵犯和剥夺。
1865年开始的重建仅延续到1877年，这一时期得以辩论的许多问题却预示了此后数十年内美国社会将面临的许多争议性话题。美国公民资格和公民权利的定义、联邦政府的权力、联邦政府与州的关系以及在一个经济不平等不断加剧的社会中民主的命运等——所有这些都是重建提出的问题，在随后而来的镀金时代和进步时代中，它们将再度发出回响。 内战解决了奴隶制存在于一个崇尚自由的国土上的矛盾。如同美国革命将奴隶制问题留给19世纪的美国人一样，内战和重建也将奴隶制的后裔如何获得真实自由的挑战留给了未来的数代人。