随着战争接近尾声，越来越多的南部同盟领土落入到联邦政府的控制之中，联邦官员开始处理从奴隶制过渡到自由的事务。在南卡罗来纳、路易斯安那和南部的其他地方，围绕一些新问题——包括土地的获取、劳动力的控制、政治权力的新结构等——的辩论已经展开。这些问题将在战后的世界中持久地回荡。
在海岛的实验
最著名的“重建预演”发生在南卡罗来纳海岸线外的海岛地区。1861年11月，战争打响几个月后，联邦海军占领了这里的岛屿。当地的白人几乎全都逃走了，把大约1万名奴隶留在岛上。跟随海军而来的是其他的北部人——陆军军官、财政部的官员、潜在的棉花地投资人，还有一群被称为“基甸社”的人，包括了黑人和白人宗教改良派人士以及决心帮助获得解放的奴隶摆脱愚昧的教师。每群人，包括岛上的黑人，对如何组织从奴隶制到自由的过渡都抱有自己的看法。新闻记者每日都将岛上的每一个发展报告给北部社会中那个急不可耐的大众读者群。
在夏洛特·福滕和劳拉·汤等北部教师看来，教育是将前奴隶转变成为自信、自立、有创造力的公民的关键。福滕来自费城的一个有名的黑人家庭。汤是来自匹兹堡的白人妇女，曾于1862年在圣海伦娜岛建立过一所佩恩学校，并在那里当教师，直到1901年去世为止。与许多基甸社的成员一样，福滕和汤都认为，奴隶们需要有外人的指点，才能懂得和欣赏自由。他们对前奴隶的愿望非常同情，奴隶们最大的愿望是获得土地。
《在诺福克的自由民学校的教师们》，摄于1863年。图为一群白人和黑人教师，她们为居住在弗吉尼亚州为联邦军队占领的部分领土上的前奴隶带去了教育。
其他的北部人则认为，从奴隶制到自由的过渡，不应该是给黑人分配土地，而是帮助他们在更人道的条件下成为工资劳动力。但联邦政府将海岛上的土地公开拍卖时，大部分的土地不是为前奴隶所购买，而是落入北部投资人的掌控之中。这些投资人倾向于展现北部自由工资劳动力的优越性，与此同时又希望赚取一大笔利润。1865年，海岛试验被看作是成功的。黑人家庭为工资而劳动，他们获得了教育；比起在奴隶制之下的生活，居住和穿戴条件改善了许多，饮食结构也更加丰富。然而这个试验也遗留下来一个在战后重建备受争议的问题：土地的拥有是否应该伴随黑人的自由。
战时西部的重建
另外一个非常不同的重建预演发生在路易斯安那和密西西比州，在规模和人数上都超过海岛试验。在占领维克斯堡之后，军队官员要求那些获得解放的前奴隶与宣誓效忠的种植园主们签订工作合同。与战前不同的是，劳动者的劳动必须以工资形式来支付，他们必须获得教育。体罚被减少到最低，家庭因不再被人任意买卖而获得了安全感。 双方对这种新的劳动力体制都非常不满意。黑人对恢复为白人工作、被迫签署劳工合同而感到愤怒。种植园主抱怨说，他们的工人不愿服从管理。他们声称，如果不允许使用鞭刑，劳动纪律就无法贯彻执行。尽管如此，只有在极其个别的情况下，军队官员才寻求实践另外一种不同的自由观。密西西比州戴维斯·本德是杰斐逊·戴维斯和他兄弟约瑟夫拥有的庄园的所在地。格兰特将军决定在这里建一个“黑人的天堂”。这里的黑人不再被强迫为白人工作，而是将庄园的土地分给他们分开耕种。此外，还建立了一个新的政府，先前的奴隶被选举出来担任自己社区的法官和警官。 战时重建的政治 随着内战的发展，非裔美国人未来的政治地位问题成为公众辩论的重要分界线。在联邦占领的路易斯安那所发生的事件引起了全国的关注。1863年，林肯颁布了他的名为“十分之一的重建方案”，希望借此在路易斯安那建立一个可以发挥作用的平民政府。他基本上大赦了几乎所有宣誓效忠联邦的南部白人，恢复了他们拥有的全部权利，包括除奴隶之外的财产权。当1860年选民人数的1/10完成效忠宣誓之后，选民们可以选举产生一个新的州政府，新的州政府按要求必须废除奴隶制。林肯的方案没有给黑人提供一个对后奴隶制时代秩序的形成施加影响的角色。他对南部白人所表现的宽大似乎出于这样一种假设，即许多前奴隶主会主动前来接受他的条件，从而可以削弱南部同盟的力量，缩短战争的时间，为废除奴隶制争取白人的支持。
另外一群人此刻开始登上政治舞台——新奥尔良的自由黑人；他们把联邦的占领看成是一个为争取法律面前的平等和为自己争取在政府中的角色的黄金时机。他们关于林肯的重建方案将他们排除在外的抱怨在国会激进共和党人中引起了同情。到1864年的夏天，对路易斯安那事态的不满导致国会提出以国会两名共和党领袖人物的名字命名的韦德-戴维斯法案。这个法案要求大多数（不是1/10）的南部白人男性在各州的重建开始之前宣誓效忠联邦，并保证赋予黑人平等的法律保护，但不包括选举权。法案为国会所通过，但因林肯拒绝在国会休会之前签署而夭折。随着战争即将结束，形势已经变得很清楚：虽然奴隶制的死亡已成定局，但它将由什么样的社会和政治体制来取代，此刻尚无定论。
胜利的来临
林肯连任之后，战争迅速走向结束。1864年11月，谢尔曼和他的6万人大军从亚特兰大出发，开始了“向大海进军”。在佐治亚的心脏地带，谢尔曼的军队劈开了一条60英里宽的行军路线，并将他们不能使用的铁路、建筑物和所有的粮食和供应物资统统摧毁。他的目的，谢尔曼写到，是“狠狠地鞭打这些反叛者，打掉他们的傲气，对他们穷追不舍，一直到他们最隐秘的藏身之处，让他们对我们充满恐惧，在我们面前感到不寒而栗”。尽管并没有什么平民受到身体上的伤害，谢尔曼的进军却呈现出现代战争所包含的所有的破坏性。1865年1月，在攻占了萨瓦纳之后，谢尔曼又进军到南卡罗来纳，在那里造成了更大的破坏。种植园处于一种无政府主义的瘫痪状态之中，奴隶们借机奋起将留下来的白人监工赶走，捣毁种植园主的家园，将烤肉房抢劫一空，并将土地划为己有。
1865年1月31日，国会通过了第十三条宪法修正案。修正案废除了全国范围内的奴隶制——在这样做的时候，它也第一次将“奴隶制”一词写入联邦宪法。3月，在他的第二次就职演说中，林肯对南北和解发出呼吁：“不对任何人怀有怨恨，对所有人做到慈悲为怀……让我们……修复国家的创伤。”他同时也对美国的过去做出了一个极为严厉的判断。“这场可怕的战争，”总统宣称，是对奴隶制罪恶的惩罚。如果上帝愿意的话，战争将继续进行下去直到250年内由奴隶劳动创造的所有财富都被摧毁掉，“每一滴被皮鞭抽打出来的鲜血必将由另外一滴被战剑刺杀而流出来的血来偿还，”后者同样也是一项正义的事业。 1865年4月带给我们一些美国历史上最令人难忘的事件。4月2日，格兰特最终击破了李在彼得斯堡的防线，强迫北弗吉尼亚集团军抛弃这座城市，从而使里士满处于没有防御的境地之中。次日，联邦军队攻占了南部的首都。走在一支黑人军队队伍最前面的是这支队伍的随军牧师加兰·怀特，他曾经是一名从奴隶制中逃跑的奴隶。当一大群人要他发表演讲时，怀特后来回忆说，他“第一次在这座城市中宣称：自由属于全人类”。话音刚落，“所有奴隶关押圈的门都打开了，几千人跑出来，大声地喊叫着，赞美上帝、耶稣或者亚伯拉罕主人。”
4月4日，林肯不顾自己的安全，仅由十来个水手陪同，走上里士满的大街。他每走一步，都为前奴隶们团团围住，有些人甚至在颇感尴尬的总统面前跪下来，林肯一个劲儿地请他们站起身来。与此同时，李和他的队伍正在向西行军，格兰特的队伍早已对他们形成了包围之势。李意识到，再抵抗下去是无济于事的，于是在4月9日，在弗吉尼亚的阿波马托克斯用作县法庭的小楼内，他向格兰特将军投降。尽管还有一些同盟军队继续留在战场上，但内战就此已经结束了。
林肯没有能够活到品尝胜利滋味的时候。4月11日，在他的最后一次公开演说中，他第一次公开呼吁赋予黑人有限的选举权。3天之后，在华盛顿的福特剧院观看一场演出时，总统遭到约翰·威尔克斯·布思——一位在全国颇有名气的演员——的致命枪击。林肯在次日清晨去世。载着总统遗体的列车驶向伊利诺伊的终点，整个旅程蜿蜒曲折，一共长达1600英里，由此可见北部各州此刻已经为铁路网络紧密地连接成一体了。悲痛的人群矗立在铁路沿线，在主要的大城市里，庄严肃穆的列队抬着总统的遗体供人瞻仰，前来吊唁的人群向总统致以最后的敬意。据估计，在费城有30万人前来瞻仰遗容，在纽约和芝加哥瞻仰遗容的人分别为50万和20万。1865年5月4日，林肯在斯普林菲尔德入土安葬。