领袖人物与政府
肩负着动员公众力量以支持南部同盟重任的人注定是要有辱使命的。杰斐逊·戴维斯于1808年出生在肯塔基，与林肯的出生仅有8个月的时间距离和100英里的空间距离。戴维斯在年轻的时候移居到密西西比州，后来进入西点军校学习，购置了一个大规模的种植园。他为人孤傲冷漠，固执己见，毫无幽默感，缺少林肯身上所具备的那种善解人意的素质和政治灵活性。虽然在战前，他在国会以滔滔不绝的雄辩而享有“参议院的西塞罗”的美誉，但与林肯不同的是，他未能将战争的意义有效地传达给南部的普通大众。此外，南部同盟内缺乏政党体制，这是它政治上的软肋之一。与美国共和国的创建者们一样，南部领袖们把政党视为是对国家团结的威胁。其结果是，戴维斯缺乏一个类似于共和党这样的组织有方、辅助林肯政府进行战争动员的对应组织。
在戴维斯的领导下，南部同盟变成了一个比旧南部还要集权的国家。南部同盟政府从零开始筹建军队、控制铁路和建造制造业工厂等，但它始终没有找到一条有效利用棉花这个南部最重要的经济资源来支持战争的方式。战争初期，戴维斯政府曾有意减少棉花生产，鼓励种植园主们种植粮食，并禁止棉花的出口。这样做的目的一方面是推动经济上的自给自足，另一方面也是为了给没有南部的棉花纺织厂就无法运转的英国施加压力，强迫它介入美国内战，站在南部同盟一边。
“棉花国王外交”的实施并不有效。1859和1860年的大量进口使英国拥有大量的库存棉花。1862年，当制造业开始感到原材料缺乏的压力时，帕默斯顿首相领导的政府仍然决定不介入美国内战，部分原因是英国同样需要从北部进口小麦，其重要性不亚于从南部进口棉花。然而南部同盟的政策带来了影响深远的全球性后果。当意识到它们对南部棉花的过分依赖之后，其他国家便开始扩大棉花的生产。英国在埃及和印度竭力推广棉花的生产，与此同时，俄国在中亚地区也进行了类似的努力。结果，美国棉花生产在战后的恢复直接导致了一场世界范围内棉花过剩的危机，造成棉花价格的暴跌，使世界各地的农民陷入贫困之中。
戴维斯也没有能够有效地应对类如佐治亚州约瑟夫·布朗这样刁难自己和设置障碍的州长。布朗把南部同盟的征兵政策斥为是一种对州权和个人自由的“充满危险的篡夺”。总之，作为一个战时领袖，戴维斯是完全无法与林肯相提并论的。有位历史学家甚至说，如果南北双方的总统互换一下位置，南部有可能赢得内战。
同盟的内战
随着战争的发展，南部同盟也遭遇了社会变化和内部动荡带来的冲击。许多南部的白人在开始的时候都集合起来，支持南部同盟的事业。南部士兵们在使用自由的语言来描述他们的事业时，一点也不比北部军队逊色。“我们是为了我们的自由，”一位志愿者写道，“而拿起武器来反对北部的暴君们……他们决心要摧毁［我们的］奴隶制。”写信人完全没有意识到他想法中所包含的内在矛盾。但是，公众的不满最终变成了南部同盟政府的一个问题，其严重性远远超过了联邦政府所面对的类似的问题。
虽然南部在进行一场争取独立的斗争，它的内部却越来越陷入一种分裂的境地之中。抱怨之一是因征兵法而起。如联邦一样，南部同盟也允许个人寻找替身来服役。因为奴隶制解体的危险增加，同盟采取了一项在每个种植园以每20名奴隶免除一名白人男子的兵役政策（从而免除了许多奴隶监工和种植园主的儿子们的兵役）。这个“20名奴隶”条款使得许多自耕农南部人相信，这场为南部争取独立的战争正在变成“一场由穷人充当炮灰的富人战争”。
经济问题
经济资源和物资的匮乏也导致了不满。随着联邦海岸封锁线的收紧、联邦对南部同盟地区的占领日渐扩大和奴隶生产力的下降，盐、玉米和肉类等基本商品的短缺开始成为严重的问题。战争使众多的农场、种植园、商业和铁路变成一片废墟。南部面临的经济危机是不可避免的战争结果之一，与北部的经济繁荣形成了一种鲜明的对比。然而南部同盟对自己的经济政策的效果估计过高。战争要求付出牺牲，民众对战争的支持部分地基于这样一种信念，即牺牲是公平分摊的，但许多不拥有奴隶的人感到，他们承担了一种并不公平的战争负担。
刊于1863年5月23日《弗兰克·莱斯勒新闻画报》的版画，展示了在南部同盟首都里士满发生的面包骚乱。
如联邦一样，南部同盟也大量举债来资助战争。与联邦立法不同的是，由种植园主们控制的南部同盟国会不愿意征收种植园主们必须支付的税收。它主要依赖发行纸币。邦联政府一共发行了15亿美元的纸币，远远超出北部发行的绿背纸币的数额。国会也授权军官征用各类农场产品以补军用，用不断贬值的同盟纸币予以支付。农场主对这种“强行充公”的做法尤其痛恨。“反叛军对我们的态度比起［联邦的威廉］谢尔曼［将军］对我们的态度更加糟糕，”一位佐治亚的农场主后来回忆说，“我原来有一头肥猪、一头骡子和一匹马，全都给他们抢走了。”许多自耕农曾经为了保护自己的经济独立而走上前线，但他们的家庭却陷入贫困之中，背上了沉重的债务负担。许多地方发生了抢购食物的骚乱，包括弗吉尼亚的里士满在内。1863年，一大群妇女在那里抢劫了军队的食品供应物资。
1862年，来自亚拉巴马北部的奴隶主乔舒亚·穆尔谈到了奴隶制对南部同盟的战争努力的威胁：“那些在奴隶制中无利可图的人，”他写道，“不会打一场持久的战争来挽救奴隶制——绝对不会的。他们将对此感到厌烦，并且会退出战斗。”随着战事的发展，逃兵问题也成为一名南部军官所称的南部军队的“大声疾呼的邪恶”。到战争结束时，逃兵的人数达到了10万人以上，几乎所有的逃兵都来自“非奴隶拥有者中最为贫穷的阶级，他们的劳动是他们家庭日常生活的主要支撑”。另一名政府官员写道，“人们是不愿为一个让自己的妻子和儿女忍饥挨饿的政府去打仗的。”
南部的联邦支持者
1864年，好几个有组织的和平活动在南部的几个州开始出现，一些类如美国英雄的秘密组织也在群众中竭力煽动不满的情绪。南部同盟的军事法庭将成百上千的联邦支持者投进监狱。其他人则被野蛮地赶出了自己的家园，还有少数人被军队或当地政府处死。但是，南部那些忠于联邦的人对北部的最终胜利作出了重要的贡献。到战争结束时，约有5万南部白人参加了联邦军队。
最有名的联邦英雄之一是里士满的伊丽莎白·范卢。1843年她父亲去世时，她说服母亲释放了家中的奴隶。内战期间，她经常到位于南部同盟首都（里士满）的利比监狱中去探视，给关押在那里的联邦战俘带去食物，并帮助他们中的一些人从监狱中逃脱。玛丽·伊丽莎白·鲍尔斯原来是范卢家中的奴隶，后来在南部的白宫里当佣人；在她的帮助下，范卢把一些关于南部同盟军事计划的情报传递给了联邦军队。
妇女与南部同盟
战争给南部白人妇女带来了前所未有的负担，她们面临的困难远远超过了北部的白人妇女。她们孤独地留守在农场和种植园上，不得不行使起那些从前属于男性的责任，如处理商业上的业务和管教奴隶等。同北部一样，南部妇女也参与了一系列的支前活动，走出了她们传统的“领域”，管理商业机构和在军工厂里工作等。在里士满，新建立的同盟政府机关中的大多数职员位置都是由所谓的“公家姑娘们”来承担的。罗斯·格林豪是一名前美国外交官的寡妇，在华盛顿市组织和领导了一个专门从事间谍活动的圈子，曾在战争初期将许多有关联邦军队行动的重要情报传送给南部同盟政府。即便在她被捕之后，她在监狱里还设法送情报出去，直到1862年她被流放到里士满为止。杰斐逊·戴维斯用2500美元对她的工作予以奖励。
南部妇女为同盟的事业甘于作出自我牺牲成为一种令人羡慕的传奇。然而随着战争的延续，死亡的人数不断增加，越来越多的妇女开始意识到，为南部的独立所付出的代价是不值得的。在写给前线亲人们的信中，南部白人妇女表达出日益强烈不满的心情。她们的情绪给平民百姓的士气造成了负面影响，也鼓励了一些士兵逃离军队。
为南部同盟而战的黑人士兵
白人人力资源的短缺最终导致南部同盟政府做出一个在战争开始时无人能够预见的决定：他们决定武装奴隶，让他们为保卫南部而战。早在1863年9月，一家密西西比的报纸曾提出解放奴隶和征召身强力壮的黑人入伍的建议。这份报纸写道，“将他们宣布为自由人，让他们加入军队，告诉他们说这是在为他们的家园和国家而战”。然而许多奴隶主对此进行了坚决的抵制，同盟国会的参议院也拒绝了这个建议。直到1865年3月罗伯特·李对这个计划表示支持后，同盟国会才下令对黑人进行武装。
还未等到征召黑人入伍的工作开始，战争就结束了，但南部军队雇用了许多黑人为其充作劳动力，几乎所有被雇用的黑人都是奴隶。这个事实导致人们在黑人是否为南部而战这一问题上的一些误解——事实上，除了极少数被“当成”白人的黑人士兵之外，没有任何黑人作为士兵参加了保卫南部的战斗。南部筹建黑人军队的决定表明，战争不仅摧毁了奴隶制，而且也摧毁了支持奴隶制的意识形态。“从你把他们变成士兵的那一天开始，［南部的］革命也就是到此为止了，”佐治亚的种植园主和政治家豪厄尔·科布宣称说，“如果奴隶们可以被变成优秀士兵的话，那我们关于奴隶制的全部理论都是错误的。”