一八六一年三月四日，亚伯拉罕．林肯宣誓就任美国总统。在其就职演说中，他拒绝承认南卡州一个月前脱离联邦的分裂行动，认为这在「法律上是无效的」。他最后呼吁大家努力恢复团结。但是南方人对此却置若罔闻。同年四月十二日，他们竟在南卡罗来纳州的查尔斯顿港口炮轰萨姆特要塞。至此，北方人迟疑不决的观望态度，被一扫而光。
图 南北战争
在退出联邦的七个州里，人民迅速响应他们的总统杰斐逊．戴维斯的号召。南北双方都焦急地等待着迄今仍忠于联邦的各奴隶制州表态。四月十七日，弗吉尼亚州迈出了决定其命运的一步，阿肯色和北卡罗来纳亦很快跟上。弗吉尼亚州退出联邦是最为勉强的。该洲的政治家，不仅是赢得美国独立革命和制定宪法的中坚，而且他们中有五人当过总统。弗吉尼亚的罗伯特．李上校为忠于他的州，辞去了指挥联邦部队的职务。在扩大了的南方邦联和北方的自由土地的中间地带，还有几个州。这些州都具有出乎意外的爱国精神，它们与联邦保持着紧密的联系。
参战各方都非常希望自己能够早日赢得胜利。就物资而言，北方占有决定性的优势，它拥有二十三个州，二千二百万的人口，南方只有十一个州和九百万人口。北方在工业上的优势，更超过其人力上的优势，它有制造武器、弹药、生产服装及其它各种用品的设备。同样，北方的铁路网，也有助于联邦军队取胜。
战争开始时，大部份海军都掌握于联邦手中，但它既分散又脆弱。海军部长吉迪恩．韦尔斯，很快采取措施加强它。林肯随即宣布封锁南方海岸。虽然起初封锁海岸的效果并不显着，但到一八六三年，它几乎完全阻止了南方向欧洲出口棉花及进口急需的弹药、衣服和药品。
与此同时，卓越的海军指挥官戴维．法拉格特，出色地指挥了两次战役。第一次，他率领一支联邦舰队到密西西比河河口，迫使南方的最大城市新奥尔良投降。另一次，他穿过壁垒森严的莫比尔海湾，俘获了邦联的一艘铁甲船，同时还封闭了这个港口。
在密西西比河河谷，联邦军队势如破竹地赢得了一连串的胜利。他们首先突破了设在田纳西州的一条很长的邦联防线，因而顺利地占领了该州西部的大部份地区。攻下密西西比河上的重要[Map-一八六 一年内战爆发时的美国 - 年份表示加入联邦的时间。斜纹处表示一八六一年到一八六五年间十一个加入美国南方邦联的州。弗吉尼亚西北部拒绝加入邦联，而以西弗吉尼亚名义加入联邦。从墨西哥购入的嘉兹登，是加进美国本土的最后一个准州。]
图 南方邦联军投降
港口曼菲斯后，联邦军队长驱二百二十公里，直捣邦联的腹地。指挥这一战役的尤利塞斯．格兰特，是一位坚韧不拔的将军。开始联邦军队在一块可以俯视到田纳西河的高地上，突然向夏伊洛发起进攻，然后坚守阵地，直到援军到来把邦联军队击退。嗣后，格兰特怀着完全控制密西西比流域的最终目标，缓慢而稳步地向南逼进。此时，该河下游的敌军，早因法拉格特占领新奥尔良而被肃清了。
有一个时期，格兰特在维克斯堡被阻，邦联军队利用该地地形陡峭，海军无法进攻的优势，加强了防守。一八六三年，他开始从维克斯堡下面和周围进攻，整整围攻了六个星期。七月四日，他终于占领了该城，并且俘掳了西部最强大的邦联军。这时，密西西比河全由联邦所掌握。邦联从此也被分割为两部分，从得克萨斯州和阿肯色运出物资几乎是不可能的了。
另一方面，在弗吉尼亚，联邦军队却一败再败。当联邦军企图攻占邦联首府里奇蒙而不断血战时，竟全被击退。邦联军队有二大优势:第一、在华盛顿和里奇蒙之间，有无数小河截断道路，防卫力量因此而得到加强;第二，邦联方面，有两位出色将领－－罗伯特．李将军和托马斯．杰克逊将军－－他们的才干远远超过早期的联邦各指挥官。联邦军队的一位指挥官乔治．麦克莱伦，有一次曾孤注一掷地企图攻下里奇蒙，但自一八六二年六月廿五日至七月一日的七天战斗中，联邦军队步步败退，双方损失都很惨重。
一八六三年一月一日，林肯总统发表了解放宣言，使叛乱各州的奴隶获得自由，并号召他们参加北方的军队。宣言说:战争的目的不只是为了拯救联邦，而且也是为了废除奴隶制度。
北方部队在东部还是没有什么进展。在向里奇蒙的陆上进攻中，北方部队又遭到阻遏。在章塞洛斯维尔一次血战中，联邦军队更遭到惨败。但邦联的胜利，也付出了极高的代价，因为杰克逊阵亡了。
图 南北战争爆发前后美国的政治形势
邦联的胜利，没有一次是具有决定意义的。联邦政府则只需召募新军，即可重新作战。一八六三年七月，战局有了转机。李将军认定北方军在章塞洛斯维尔的惨败，正是南方的一个机会，于是他挥军北上，侵入宾夕法尼亚州，他的部队几乎到达宾州首府。但是，一支强大的联邦军队在葛底斯堡阻击了李将军的进攻，在历时三天的战争中，邦联军队英勇作战，想一举突破联邦军的防线。但他们失败了，李将军的精锐部队，在惨败后撤回到波托马克河一带。
格兰特将军的部队，这时正占领着密西西比河上的维克斯堡。对南方海岸线的封锁，犹如铜墙铁壁，能穿出封锁线的船很少，邦联方面所需的资源就要耗尽。但北方各州，似乎比以前更繁荣了，他们的制造厂、工厂全部开工;农场里收获的丰盛谷物，也不断被运往欧洲;他们的劳动力，因移民的不断补充而更加充裕了。
一八六四年格兰特将军向里奇蒙发动稳步而坚决的进军，预示了战局的终结。北方部队从四面八方围绕;一八六五年二月一日，谢尔曼将军的西部军，也自乔治亚州开始向北推进。
二月十七日，邦联军放弃了南卡罗来纳州首府哥伦比亚。查尔斯顿城由于通往内陆的铁路线被切断，未经一战该城便落入联邦舰队之手。同时，邦联军在彼德斯堡和里奇蒙的阵地，也岌岌可危，四月二日，李将军只好下令放弃。一星期后，他退守在弗吉尼亚的阿波玛托克斯，又被联邦军队包围，因无路可逃最后只好投降。
投降的条件颇为宽大。格兰特参加和谈归来，心平气和地等欢呼雀跃的士兵安静下来，提醒他们说:「叛逆者现在又成为我们的同胞了。」南方为了谋取独立的战争，至此竟成了「失败的事业」;他们的英雄罗伯特．李将军，既因他卓越的指挥才能，又因他失败时的高尚风格而受到国人广泛的敬仰。
对北方来说，战争产生了更见伟大的英雄林肯－－他急于做到的，莫过于把破碎的联邦重新统一起来，但这不是靠武力和压制，而是靠热情和宽容去实现。虽然，无论在战争时期还是在和平时期，他不得不运用前所未有的权力，但他却从未违背民主自治政府的原则。一八六四年，他第二次当选总统。