佐贺之乱
明治政府关于建立中央集权统一国家，在政治、经济、文化等方面进行资产阶级改革的政策，很快遭到封建保守势力反对，发生多次起义事件。
在1872年夏，对奉还版籍、废藩置县一直不满的岛津久光即上书明治天皇，提出14条建议，公开向资产阶级改革挑战；反对文明开化和教育改革；反对仿效英、法改革制度；反对四民平等和相互通婚等等。此后，他又派人进京阴谋活动，要求罢免大久保等的官职。当时政府没有采纳他的主张，为缓和不满情绪，1873年12月任命岛津久光为内阁顾问。但这种妥协手段改变不了岛津反对政府改革的思想。1874年1月，他再次反对大久保等的施政方针，以还乡(鹿儿岛)威胁政府。同年7月23日，时任左大臣职的岛津久光又向公卿三条、岩仓等提出了“质问书”，指责明治政府“将先王制服改为洋服”，历法“改用洋历”，政府各部“皆模仿洋制”，学制、军制均采用“洋式”，“参议兼任省卿”，“兴不急需之土木”等等，坚持制服、学制、军队、租税等一切复旧。岛津还扬言，如果不采纳即见，他本人供职无益，将呈请辞职，并要求撤大久保职务。对政府其他人事安排，他要求迅免大隅等职，召回西乡、板垣，并复其职。在没有免掉大限的参议之前，他本人不参政，以此逼迫政府。对这些反政府要求，不仅大久保等不能接受，就是迁就岛津久光的三条、岩仓也难以承认。大久保出身萨摩，碍于岛津是过去的藩主，没有公开对抗。可是肥前(佐贺)出身的大限没有顾虑，毅然指出：“和过去不同，现在自己是朝臣。一个朝臣为何因一旧藩主而轻率地去留！”因为革新势力的反击，岛津反动要求未能实现。最后，被迫引退。
当岛律等旧藩势力进行反政府时。，不满明治维新改革的旧士族，公开发动了反政府的叛乱。最先爆发在佐贺，1874年2月1日，佐贺士族建立了“征韩党”(1873年12月)和“忧国党”(1874年1月)。两党分别拥戴佐贺出身的前新政府参议江藤新平和前秋田县令岛义勇为首领。1874年1月，江藤和岛先后从东京和秋田被
迎回佐贺。征韩党愤于征韩论派被击败，主张立即征韩，要求把遣使朝鲜作为确立国权的机会。当时江藤是想借助征韩、忧国两党之力使内阁会议回到征韩上来。忧国党则反对政府进行的各项改革要求重新起用“中兴之元老”(岛津久光、西乡隆盛、江藤新平等)对内实行封建郡县并行之制，对外征服朝鲜、中国。
他们纠集了3千多名士族队伍，错误认为西乡在鹿儿岛举兵，板垣在高知举兵，九州、四国的士族群起呼应，必容易成事。1874年2月4日，江藤劫夺了小野组银行，抢到20万日元经费，发动武装叛乱。佐贺起义的消息传到东京，太政官在4日和7日，命令陆军省出动熊本、东京和大坂的镇台兵镇压。2月10日，政府派大久保赴九州。18日占领佐贺城。从22日至23日平定这次叛乱。江藤和岛逃走后，先后在鹿儿岛被捕处斩。
敬神党、秋月、获的叛乱
1876年3月，政府发出废刀令，8月发行金禄公债，宣布废除俸禄制。于是，士族更为愤怒。1876年10月，熊本旧士族二百余人，组织敬神党，宣扬国粹思想，丰张实行神道政治，反对政府改革。1876年10月24日袭击县政府和兵营；打死县令和镇台司令长官。但起义很快被镇台兵镇压。
在敬神党叛乱的影响下，福冈县旧秋月藩士族4百人组成秋月党，表示不满政府对征韩问题的处理，叫嚷扩张国权，1876年10月27日配合敬神党发动叛乱。但也立即被镇压。
消息传到山口，获的旧士族接着于同年10月发动叛乱。其头目是荻原一诚，1869年2月任越后知事，7月任政府参议，12月继大村益次郎任兵部大辅。1870年9月，前原不满新政府政策，辞职回长州家乡——荻(山口县)当地对新政府不满的士族，集合在他的周围，形成一股反政府势力。1876年10月27日，以前原为首的百余人，以旧藩校“明伦馆”为根据地，举起“殉国军”大旗，夺取了荻冶炼厂的武器、弹药，企图进攻山口。政府得报告，立即派陆、海军镇压。11月5日，荻原在岛根县被捕处死，5日殉国军在荻溃败。
西南战争
西乡隆盛出身于萨摩藩士，幕未曾参与藩政改革。新政府成立时，他是“王政复古”和戊辰战争的主要领导人。明治维新后任参议，以武力保证了废藩置县的实现。1871至1873年岩仓使节团访问欧美期间主持留守政府的工作。随着新政府的改革日益深入发展，作为士族利益代表者的西乡，同改革政策的抵触也越来越深。
1873年10月，征韩论派被击败后，西乡隆盛及亲信近卫兵陆军少将桐野利秋、筱原国干等萨摩出身的军人约3百名，宫内大丞村田新八以及司法省咨保安中萨摩出身的警官3百人，相继辞职回到鹿儿岛。1874年6月，在西乡的领导下，于鹿儿岛市内设立了私学校。这个学校除本校外，在鹿儿岛市内和县内各乡还设有136
处分校。私学校经费全由鹿儿岛县政府负担。其规模不断扩大，成立一年后学生达3万人。西乡所订私学校的纲领是：“一、道同义协，暗中集会……二、尊王悯民，为学问之本质。”所谓道义，不外是忠孝仁义；所谓尊王悯民，就是忠于君主，统治人民。在鹿儿岛县，租税几乎不上缴中央，县令大山纲良以下区长、户长等官吏，只是名义上服从中央政府的规定。区长、户长都由私学校的干部担任，警察官吏也大部分为私学校党所占；整个县的行政组织都掌握在私学校党手里。区长都是军人，在以后叛乱中，便以队长的身分出动。这样，鹿儿岛县实际上成为一个独立的地方军阀政权，西乡作为最高权威君临其上。地方行政机关之长则统率各地分校(分队)。这样建立起了以西乡为首领的随时可以发动起义的军事体制。
旧土族阶级为恢复封建武士的特权，坚决反对四民平等、地税改革及秩禄整理。当1876年8月政府公布《金禄公债证书发行条例》时，大大刺激了旧士族。于是村田新八叫嚷：“以西乡为首相，实行其抱负，这是我们今日的任务。”1876年12月下旬，大久保遣遣中原尚雄等鹿儿岛出身的警官20余人，以探亲为名回鹿儿岛进行侦察。不久私学校党逮捕了中原，严刑审讯，逼他供认从大警视川路利良手里接受了暗杀西乡的密令。1877年1月下旬，政府为防备西乡叛乱，密令把在鹿儿岛的陆军火药库的武器、弹药运往大坂。私学校党徒得知消息后，即袭击陆军火药库和海军造船厂，抢走武器、弹药。2月2日，桐野、筱原等私学校的头目拥立西乡发动叛乱。
1877年2月15日，西乡率领叛乱队伍打着“新政厚德”旗帜，从鹿儿岛向熊本进攻。从九州各地和其他地区赶来的旧士族响应叛乱，叛军最多时约4．2万人。
大久保得知西乡要叛乱，坚决主张：“事情曲直分明，正正堂堂，宣布罪状，鸣鼓而讨之。”2月19日发布征讨鹿儿岛县暴徒的诏书，任命有栖川宫炽仁亲王为征讨总督，陆军中将山县有朋、海军中将川村纯义为征讨参军。20日征讨总督率陆军5万8千人从东京出发，26日到达福冈。海军11艘军舰也投入战争，三菱轮船公司担负军事运输任务。
北上的西乡军包围了熊本城，久攻不克。征讨军于3月2日占领熊本北方的天险田原坂。在此以前(3月14日)黑田清隆中将率领一个旅团从长崎出发，于3月19日在日奈久、八代方面登陆，从背面进攻叛军，使西乡腹背受敌。4月14日黑田军冲破包围，进入被围困50天的熊本城。4月15日西乡军开始全面退却。8月16日至17日，被征讨军击败，万余人投降。西乡率残兵逃回鹿儿岛，在城山固守。9月24日征讨军发起总攻，城山陷落，西乡在岩崎谷自杀，桐野、村田等被击毙。西南战争结束。
这次大规模的土族叛乱即西南战争历时八个月，震动全国。它虽然起因于鹿儿岛士族和政府的对立，但决不是单纯的士族叛乱。从叛乱者来看，不仅是土族，还有许多民权派，其中包括豪农豪商，而且过去戊辰战争中与幕府军并肩作战失败的东北诸藩旧藩士也参加了这场战争。因此使西南战争带有复辟战争、民权战争的性质。战争结果政府胜利；结束旧土族割据局面，使国家权力进一步集中。从自由民权运动方面来看，西南战争发挥了自由民权运动的先驱作用。