农民起义与市民暴动
德川幕府末期，农民反对幕府封建统治的斗争日趋激烈，至庆应年间(公元1865年—公元1867年)，斗争发展为暴动，并与市民暴动相结合，形成大规模的武装起义。公元1866年5月初，大阪近的西宫(今兵库县东南)发生了贫民捣毁米店、袭击武士的暴动。接着扩大到兵库、滩、池田、伊丹等市镇。5月中旬又扩大到大坂。参加暴动的1万多名大坂市民群众，在各条街上呐喊着袭击米店和酒店。群众斗争情绪激昂，不顾幕府的镇压，在街上张贴写给老中的匿名信说：“现在要么把我们消灭，要么就把米价降到3百文(1升时价7百文)。如这两件事都不能办到，就把全市化为焦土。”当他们被捕时，坚决果敢地向审问他们的大坂官吏指出：引起这次暴动的祸首就是将军。当时萨摩藩在大颐的藩吏木场传内曾把这情况详报在京的大久保利通。大久保认为：“民心已离将军，幕府何足惧！”
从5月底到6月初，江户爆发了更大规模的市民暴动。5月28日，品川首先发生暴动，很快发展到芝、赤扳、四谷，又波及神田、本所，到6月5日暴动席卷整个江户。暴动群众在各条街上组成队伍行进，捣毁米店、酒店、当铺、洋货店和富商住宅。町奉行所(江户市政署)的大门被贴上“政治已经卖完”的讽刺性匿名信。幕府统治权力在几天里陷入瘫痪状态。
农民起义和市民暴动相呼应。6月7日武藏川越的木匠要求降低米价，掀起“改革世道”的暴动。6月13日，秩父郡名栗村的农民要求降低米价和利息。烧掉典当土地文书、归还当品，发动了“改革世道”的起义。各村农民群起响应。14日，起义群众在饭能会会，捣毁四家米店。暴动很快席卷了青梅、川越等地。起义者打着“改革世道”、“为救日本穷民”的旗帜，拿着印有“国内各地太平”的灯笼，袭击、捣毁横滨商人的米店和高利贷专的住宅。在秩父大宫，农民捣毁官衙和监狱，释放囚犯，烧掉土地清册，砸毁枪支，把大炮扔到井里，并冲进当铺当场发还抵押品，销毁当票。几天之间起义席卷武藏、上野两藩，有10万多人参加了这次起义。
同时奥州的信夫、伊达两郡(今福岛市附近)也爆发了“改革世道”的起义。据统计，公元1866年爆发农民起义106起，市民暴动35起“，是整个德川时代爆发起义次数最多的一年。起义地区北起奥羽，南至九州，遍及全国。
从公元1867年8月底起，全国各地爆发了“可好啦?!”的群众运动。运动首先从名古屋开始。当时名古屋地方发生了伊势神宫天降神符的传说，市民把它看成是一种“变天”的瑞兆。人们穿上华丽衣服，女扮男装，男扮女装，吹笛打鼓弹三弦，成群结队地反复唱着“可好啦?!”“可好啦?!”的歌，狂舞街头。接着，这个运动席卷京都、大坂、江户、横滨等地。幕府各藩严加禁压无效。群众涌进地主富商宅院，迫使其摆出酒席；有的捣毁他们的家财衣物或把它散发给过路居民。群众把这种不愁衣食的日子称作“神代”。这个运动虽然带有宗教迷信色彩，但具有市民暴动的因素。狂舞时的打扮与活动是无视幕府统治，反映群众要求社会变革的愿望。
农民起义和市民暴动不仅震撼了德川幕府的封建统治，其锋芒还指向西洋人。公元1866年9月，江户市内的贫民高喊：“我们这样贫困，就是因为洋人到来物价上涨。”他们还袭击了正在散步的美国公使。公元1867年11月，江户郊外德丸原的农民起义，不仅反对幕府征用民地开辟练兵场，而且袭击了与幕府勾结、横行霸道的法国军事教官。
公元1867年的农民起义和市民暴动，次数虽比上年有所减少，但群众反对幕府的改革、要求变革现实的思想的成长及近代民主精神的萌芽，都是前所未有的。
第二次征长的失败
幕府为消灭倒幕势力；不顾财政贫困，以摄津、河内、播磨的年贡为担保，向大胶、兵库、西宫的商人赋课7百万两作为军费，在“万民怨愤”声中发动了第二次讨伐长州藩的战争。公元1865年5月，将军家茂由陆路从江户到大坂亲自指挥，以纪州藩主德川茂承为先锋总督，军舰炮击长州藩周防沿岸。
这次征长与第一次不同，幕府毫无胜利把握。当时萨摩藩已和长州藩订立同盟，不仅拒绝派兵，还同其他藩联名要求取消第二次征长战役。诸藩也对这次出兵感到不满。加之军队除一部分受过新式训练外，大部分是旧装备。长州藩军受大村益次郎“西洋阵法”训练，因此战争首先对幕府不利。其次，幕府军队还受后方之敌威胁。第一次征长战争后，大吸附近地区农民起义规模很大，大阪、江户还发生了捣毁运动。
公元1866年6月7日，幕军从安艺、石见、小仓三方面开始攻击。另有幕兵、松山藩兵开往周防的大岛登陆，但被击退。战区内农民本对幕府不满，乘机反抗。石见国(今岛根县)农民首先起义，银山代官弃职逃走。起义农民协助长州军打败幕府军，追击幕府败兵。同年8月，滨田藩、小仓藩和川越藩也爆发了农民起义，袭击了当地豪农、豪商和村吏。
农民起义军和市民暴动搅乱了幕府征长军的根据地，使幕府军腹背受敌而败。长州藩军虽兵力很弱，四面迎敌，但因得到起起义农民及市民的支持，士气旺盛，到处获胜。
正当幕府军接连战败之际，将军德川家茂于公元1866年7月20日在大坂病死。第15代将军德川庆喜想依靠法国的军事援助挽回败局。但由于群众斗争的压力及幕军根据地小仓被长州军占领，参战各藩都要求撤兵，第二次征长终以幕府失败告终。
群众起义和征长战争的失败，动摇了幕府统治。将军庆喜为摆脱危局，在法国公使罗休(L．Roches)指导下进行重大改革：一，军事上废除旧机构，征募农民、市民建立新式步兵，聘用法国军事教官团，开办军官学校，着手建立近代常备军。并向法国借款6百万美元，购买军舰、兵器，以北海道的矿山作担保。二，政治上改革老中制度，分幕府为五局，各老中分掌一局，由首席老中统辖全国政务，以期建立中央集权的官僚政府机构。三，经济上设立法国和日本合办的公司，垄断生丝输出和建造铁路等。然而这时幕府已完全丧失民心，群众斗争加剧，幕府改革，只是挣扎而已。
武力倒幕
公元1867年长州及萨摩藩的倒幕派为推翻幕府，朝着“举兵倒幕”方向迈进。其他各藩也有主张武力倒幕的志士活跃，土佐藩板垣退助(公元1837年—公元1919年)就是突出的一个。板垣以乡士和上层农民为主组织了类似奇兵队的军队，公元1867年5月，在中冈慎太郎的策动下，他在京都会见了萨摩藩的西乡隆盛(公元1827年—公元1877年)。按照两人的协议，板垣不顾土佐藩主的意见，决定率土佐志士参加倒幕同盟，并进行起兵准备。由于宫廷内佐幕派的中心孝明天皇在公元1866年12月25日病故，15岁的太子睦仁(即明治)于1867年1月即位，宫廷的形势非常有利于倒幕派。以岩仓具视(公元1825年—公元1883年)为首的宫廷倒幕派，在宫廷中积极进行倒幕活动，并和远在九州大宰府的三条实美取得联系。于是，以木户孝允、大久保利通、西乡隆盛等为代表的萨长倒幕派领导核心正式形成。
木户、大久保和西乡，并称“维新三杰”，是明治维新的主要领导人。木户孝允(公元1833年—公元1877年)出身长州藩士，在幕末尊王攘夷和倒幕运动中起了重要作用。他曾与高杉晋作等一起主持长州藩政，实行富国强兵政策。公元1867年木户与大久保利通等人一起拟定举兵倒幕的计划，发布“王政复古”命令，建立了明治政府。明治维新后，木户孝允历任新政府的征士、总裁局顾问、参议等职，位居领导核心。他积极极提倡推行“版籍奉还”和“废藩置县”。公元1871年，木户作为岩仓使节团的副使出访欧美12个国家。回国后成为明治政府领导层中最开明的人物之一，在日本资本主义化过程中作出重要贡献。
与木户齐名的大久保利通(公元1830年—公元1878年)出身于萨摩藩士，幕末曾参与藩政改革，是武力倒幕、“王政复古”的主要领导人之一。明治维新后历任参与、参议、大藏卿、内务卿等职。1871年与木户孝允同为岩仓使节团副使出访欧美各国。回国后，反对以西乡隆盛为代表的留守政府的“征韩论”，主张“内治优先”。此后掌握了明治政府的领导权，积极推行各项资产阶级改革，镇压士族叛乱，为近代天皇制国家的建立和日本资本主义的形成做出了重要贡献。公元1878年被士族分子暗杀。
西乡隆盛(公元1827年—公元1877年)出身下级武士，最初作为尊王攘夷派的志士参加反对幕府的政治活动，后来转变为武力倒幕派的主将。西乡有军事天才，公元1869年1月3日作为军事顾问和参谋长，指挥了鸟羽、伏见之役，消灭了幕府的军事实力。同年5月又只身赴江户，与幕府大臣胜念舟会谈，实现了“江户无血开城”，以不流血的方法使幕府投降。新政府建立以后，历任参议、陆军元帅、陆军大将、近卫军都督等要职，参与新政府的各项资产阶级改革。但西乡在最后阶段思想消极保守，同情被明治政府逐步取消特权而不满的多数下级武士，反对强制剥夺土族兄弟的实权，终于辞官还乡。1877年武装叛变，发动了西南战争。最后败死于鹿儿岛的城山。
以上述维新三杰为核心的倒幕派，一致主张武力倒幕。支持武力倒幕的有萨、长与其他西南强藩的下级武士，以及部分京都贵族(公卿)和地主资产阶级。
“奉还大政”
公元1867年10月，以土佐藩主山内容堂(公元1827年—公元1872年)及其后藤象二郎(公元1838年—公元1897年)为代表的妥协派，提出了一项与武力倒幕相对立的“奉还大政”的方针。支持和倾向这项方针的有幕府的部分官吏以及萨摩安艺(今广岛县)等藩的上级武士。山内和后藤两人提出妥协方针并非偶然。1867年6月，后藤象二郎和坂本龙马同船从长崎去京都时，扳本曾向后藤提出建立新国家的八条基本方案，即“船中八策”。可是后藤接过这个方案后，按照自己的妥协思想加以纂改，即主张幕府将军把现在握有的统治权名义上奉还天皇，而在天皇之下设立一个由将军担任议长的“列侯会议”来掌握实权。不同意武力倒幕。山内等的“奉还大政”方针即以此为前提。他认为这是使德川氏奉还大政，将他从灭亡中挽救出来、思义两全的良策。与此相反，土佐藩的军务总裁、已加入武力倒幕同盟的板垣退助则强调提出：“奉还政权之名虽美，却属空话。德川氏既然在马上得天下，如不在马上把它夺回，就不能打倒数百年来的霸业。”山内不但不听，反而大骂板垣的说法是“暴论”，并立即罢免了板垣的军事职务。然后命令后藤写成“奉还大政”的建议书去京都活动，以便争取更多的支持者。1867年10月3日后藤等在京都到处碰壁之后，只好以自己一个藩的名义向幕府提出“奉还大政”的建议书。
在萨、土倒幕派的影响和促进下，长州倒幕派，特别是受豪农富商支持的奇兵队等都坚决主张讨幕。公元1867年9月18日，大久保等与长州藩倒幕派木户孝允等会见，研究出兵讨幕问题。同年9月18日，萨、长签订了共同出兵盟约。20日，艺州藩也参加了这个盟约。10月8日，萨、长、艺三藩倒幕派的首脑在京都开会，通过了坚决实行举兵倒幕的决议。与此同时，约有1千2百名萨摩藩兵从海路陆续到达长州藩待命。然而武力倒幕派不敢公开揭露幕府的罪恶，广泛发动群众，进行彻底的革命斗争。只是根据1863年8月18日政变失败的经验，感到必须把天皇确实掌握在自己一派手里。于是让倒幕派公卿作好准备，好让天皇向长州、萨摩两藩发出讨伐幕府的密令，以此证明其行动的合法。14日清晨，由于岩仓的活动，以天皇的名义发出“戮贼臣庆喜”的“讨幕密沼”。
将军德川庆喜发觉有人正在举兵倒幕，表示接受山内容堂的建议，企图在形式上让天皇执政，而自己在天皇之下掌握实权。于是庆喜在天皇发下讨幕密沼的同一天，即公元1867年11月9日上奏要求把政权“奉还”给天皇。第二天朝庭批准了这一请求。19日庆喜正式向朝廷提出辞去将军职务。
“王政复古”的政变
“大政奉还”使倒幕派失去了出师的名义，参加武力倒幕的不坚定分子认为出兵已无必要。妥协派山内容堂非常高兴，认为实现公议政体(列侯会议)的时机已到，加紧进行活动。但顽固的幕府高级官吏坚决反对，在大坂集中陆海军部队，妄图用武力继续维持政权。木户、西乡、大久保等倒幕派识破了德川庆喜奉还大政的阴谋，更坚定了武力倒幕的决心。他们利用京阪地方爆发群众运动的有利时机，集结与部署兵力。公元1867年11月3日在京都的萨摩、长州、安艺三藩藩士决定联合举兵，并请求朝廷下达讨幕的诏书。4日岩仓具视秘密上奏了意见书《王政复古议》。到11月底，萨、长、艺三藩大军集结在京胶神地方，摆开了和幕府决战的阵势。
幕府对倒幕派的活动采取压制手段。11月15日暗杀了倒幕志士板本龙马和中冈慎太郎。形势日益紧张，斗争也愈趋尖锐。大久保利通鼓励动摇的倒幕派公卿增强信心，并以护身为名发给他们手枪。12月初，大久保、岩仓等决定在12月9日发动“王政复古”的政变。12月8日岩仓召集萨摩、尾张、越前、安艺、土佐王藩的重臣，秘密传达了根据“天皇意旨”发布“王政复古大号令”的计划，令各藩主协助，同时，大久保、西乡写信给岩仓具视指出：实行决战，死中求生，乃当前之急务。”如不迫使德川庆喜辞官、纳地，就要“违背公论”这些话说明了只有打倒德川庆喜才有出路。这也是警告岩仓要坚决果敢行动；并要求他深思熟虑，“务使最初之政令不发生错误为第一要事。”
倒幕派由于有了内战的充分准备，作了周密的布置，所以掌握了时局的主动权，顺利地执行政变的计划。12月9日(阳历1868年年1月3日)晨，岩仓具视等觐见天皇，上奏实行“王政复古”大策。同时按预定计划，名古屋、福井、高知、广岛、萨摩五藩藩兵已在西乡隆盛指挥下包围皇宫禁戒。当天下午，由年仅16岁的睦仁出面，召开有皇族、公卿、大名和武士参加的御前会议，断然实行宫廷政变，发布“王政复古大号令”，宣告为“王政革古，挽回国威”，诸事回复“神武创业之始”。剥夺德川庆喜的将军职和委任政务；废除摄政、关白、幕府等制度；哲设总裁、议定、参与三职，为新政权的枢要。成立以天皇为首的新的临时中央政府，执行内外政务，确定“一洗旧弊”、“广开言路”、“登用人才”、“百事一新”等施政方针。还宣布三职政府的组织系统和官员名单，有栖川宫炽仁亲王为总裁。
“王政复古”是日本资产阶级改良派发动的，由西乡隆盛、大久保利通领导的，有萨、土、艺、尾、越五藩主和部分藩士及岩仓具视、三条实在美等公卿参加的宫廷政变。“王政复古“政变成功后所产生的三职政府是改良派、大名、公卿的松散的联合，没有统一的意志，更没有实际的政治效果，只是宣布一下京都的天皇政府是唯一合法的日本政府。实际上江户的德川幕府还有实力，不甘心失败，急于反扑。德川庆喜在英法公使前面不承认京都的天皇政府。于是在日本出现了京都天皇政府和严户德川幕府两个政权并存的局面。
倒幕派与公议政体派的斗争
新的临时中央政府的建立，标志着武力倒幕路线取得初步胜利，粉碎了德川庆喜继续保持实权的图谋，并冲击了以山内容堂为代表的“大政奉还”(公议政体)派势力。但是，政变后建立的中央政府是包括倒幕派和公议政体派的联合政权，两派间的斗争无可避免。政变当天夜晚在小御所召开的三职会议上，即揭开了新的斗争序幕。山内容堂(议定)第一个站出来说，德川庆喜“奉还大政是出自皇国政令归于一统，永维国体尊严之诚意”，攻击这次变革是三、四公卿拥立幼主，窃取权柄的“暴举”。前越前藩主松平庆永(议定)则指责这次变革是“以刑名为先，道义为后”，强硬要求德川庆喜参加会议。岩仓具视当即申明“王政复古”是出自天皇的决定，痛斥山内，进而揭露德川氏“蔑神旨，坏纲纪，外与欧美各国订友好通商之约；内逞淫威处罚忧国之亲王、公卿、诸侯，杀戮勤王之志士”的罪状，戳穿虚谈奉还政权、实保幕府权力的居心。指出德川庆喜如果真有反省自责之心，首先必须辞官纳地。大久保赞成岩仓意见，并尖锐指出朝廷已命令德川庆喜辞官纳地，如果拒绝，便向天下宣布其罪状，并讨伐之。后藤象二郎支持山内、松平，并声称必须光明正大地实行“王政复古”，进行抗辩，双方相持不下，会议休息时，萨摩藩的岩下佐次右卫门把会场的情况告诉守卫宫门的西乡，西乡当即提出：“这时不能用口舌，只能用匕首！”让他们动用武力。岩仓、大久保等接受了西乡的建议，决定对公议政体派施加压力。后藤见形势不利，就向山内建议说：“大势已定，此时强争无益，今日让一步，他日必有挽回之策。”复会时，公议政体派暂不再坚持己见。为了剥夺镕川庆喜的经济基础，巩固新政府，会议根据岩仓的提案，通过了命令德川庆喜辞官纳地的决定。但岩仓等倒幕派对此决心不大，特派尾张、越前两藩主去二天城，向德川庆喜传达小御所会议的决定，并劝说德川庆喜主动申请辞官纳地。这虽然是倒幕派的又一次胜利，但已包含妥协的因素。