第一次米特拉达梯战争之后，苏拉在返回意大利之前把他的将军穆勒那以及三个军团的兵力留下镇守亚洲。穆勒那急于建立功勋，便借口米特拉达梯还没有完全撤出整个卡帕多启亚而于公元前83年入侵了该地区。他甚至还渡过了哈里斯河，大肆蹂躏本都王国的土地。后来发现，罗马将军的赤裸裸的践踏条约的行为在很大程度上是受到了阿凯拉斯的蛊惑，阿凯拉斯本人也发现自己正在被米特拉达梯所怀疑，于是为了安全他就逃去了罗马，在那里他得到了最高的荣誉。
米特拉达梯此时完全没有准备好与罗马再次开战，因而穆勒那进展顺利，全然没有遇到抵抗。米特拉达梯发现罗马将军根本不顾自己的抗议，于是就派人前去罗马抗议。紧接着，在第二年即公元前82年的春天，他看到穆勒那又在准备再次进犯，他便下定决心武力抵抗。米特拉达梯率领着一支大军与罗马将军在哈里斯河边相遇。结果是本都国王取得了完全的胜利，穆勒那放弃了卡帕多启亚，自己好不容易才撤到了普里吉亚。米特拉达梯趁势就收复了整个卡帕多启亚行省。
这之后不久，A.盖比尼乌斯带着苏拉的强制性命令来到亚洲，要穆勒那立刻停止敌对行动，而米特拉达梯也再次同意撤出卡帕多启亚。通常被称为的第二次米特拉达梯战争就这样结束了。
虽然在苏拉的干预下达成了和平，但是米特拉达梯很清楚，他与罗马之间只是暂时中止了敌对状态。傲慢的罗马共和国不可能容忍她的公民在亚洲遭受屠杀而凶手却逍遥法外。米特拉达梯于是全力以赴地要打造一支不仅在数量上与罗马军团相匹敌，而且在军纪上也能与之相抗衡的军队。带着这样的想法他按照罗马军队的样式武装自己的军队，以严格的军纪训练他们，很快的他就将在即将到来的战争中看到成效。
毫无疑问地，米特拉达梯也得到了流亡的那些马略派的人的帮助。他们是当初随芬布利亚来到亚洲的，芬布利亚被苏拉打败后他们就一直在本都国王的庇护下。在他们的鼓动下，米特拉达梯向这时还在西班牙坚持的塞多留派出使节，与他结成联盟共同对付他们共同的敌人。
公元前74年，比提尼亚的国王尼科美得斯去世，这件事导致了一场危机，使得这场本来双方就已经知道不可避免的战争立刻成为了现实。这位君主的遗嘱本来是将自己的领土给予罗马人，因此罗马宣布比提尼亚成为一个行省，可是米特拉达梯却宣称这位国王的妻子妮萨为他留下了一个合法的子嗣，而他米特拉达梯则准备好要用武力来支持这位继承人。
米特拉达梯早已准备好了一支强大的军队，这使得他对于胜利有着充分的信心。他的军队有十二万名步兵，全部都按着罗马军队的样式装备和训练；还有一万六千匹马，几百辆刀轮战车。同时，他的舰队也远超罗马之上，因此他拥有绝对的制海权。不过，这些准备工作似乎也给他造成了足够的延误，使得他不能在罗马两位执政官L.李锡尼.卢库卢斯和M.奥勒留.科塔抵达亚洲之前赶到战场。即使如此，开始的时候他们也无法阻挡米特拉达梯。本都国王横扫整个比提尼亚而没有遇到任何抵抗。后来科塔在迦克墩城下与米特拉达梯交战，结果他的陆军和海军都被打败了。
米特拉达梯接下来开始从海上和陆地围攻基齐库斯。这时从普里吉亚赶来解救科塔的卢库卢斯也尾随米特拉达梯到了基齐库斯城下，并且在本都国王的营寨旁边占据了有利地形。这使得米特拉达梯的陆上供应线被完全切断，而由于冬季暴风雨的缘故他也无法从海上得到补给。结果不久后米特拉达梯的营中就断粮了，而他攻城的企图也由于城内守军的勇敢和坚决而化为泡影。最后，在公元前73年年初的时候他不得不放弃围城。在撤退途中他还反复遭到罗马将军的进攻，在埃塞普斯和格拉尼库斯损失惨重。到这一年结束的时候他不仅将战争开始的时候的大军全部都损失了，而且还不得退回了他自己的领地，如果卢库卢斯继续进攻本都王国腹地的话他也无力抵抗了。
不过米特拉达梯再次以不屈不挠的毅力开始重新召集一支军队。但此时他不得不放开本都王国的全部海岸线，自己则退守到内陆的卡布里亚。结果在这里他再次被卢库卢斯打败。看到自己再也无法抵挡罗马的进攻，他便逃往亚美尼亚，请求他的女婿提格拉尼斯的庇护和援助。
提格拉尼斯此时是亚洲最强大的君主。不过他似乎并不情愿公开地与罗马交战，他一方面友好的接待流亡的国王米特拉达梯，另一方面又拒绝接见他，也没有帮助他恢复王位的打算。这时是罗马人的傲慢促使他改变了策略。卢库卢斯派阿比乌斯.克劳狄为使节，要求交出米特拉达梯，克劳狄举止傲慢，结果冒犯了特格拉尼斯，他不仅拒绝交出米特拉达梯，而且立刻开始为战争进行准备。
卢库卢斯一面等待克劳狄，一面专注于亚洲的事务。亚洲的农民受重税的压迫而苦难深重。卢库卢斯颁布了许多法律，终于结束了这些苛捐杂税，也赢得了所有亚洲城市的尊敬。不过这样一来，他也使得自己成为骑士们的公敌，因为骑士们正是那些向农民课税的既得利益者。他们在罗马大声的吵闹，抱怨卢库卢斯，正是他们的不停的喧嚣导致了日后卢库卢斯被召回。
米特拉达梯与提格拉尼斯因为共同的利益而终于走到了一起。本都国王已经在他女婿的王国里呆了一年零八个月，都没有见过女婿本人；现在则可以参加提格拉尼斯的全部的会议，而且受命去组织一支军队。
但这一切都是徒劳。公元前69年，在战役前夕米特拉达梯敦促女婿学得他当年的教训，要避免与卢库卢斯进行正规战。但提格拉尼斯对自己的军队过于自信，在提格雷诺塞塔投入战斗，结果被打败，而米特拉达梯还没有来得及与他会合。这场灾难如此精确的符合米特拉达梯之前提出的警告，这使得提格拉尼斯不得不对本都国王高看一眼。从这以后，他就把全部的军事行动都交给本都国王来处理了。
第二年即公元前68年的夏季，卢库卢斯翻过托罗斯山脉，进入亚美尼亚的腹地，并且在热阿夏纳附近再次打败这两位君王。但天气突然转热，再加上军中的一些不满情绪，卢库卢斯放弃了继续进军，而是转入美索不达米亚。米特拉达梯任由他围攻努塞宾，因为他认为那是一个坚不可摧的堡垒，自己则趁罗马军队不在而亲率一支大军攻入本都王国，一心要重夺自己的领土。
本都王国这时的守军是卢库卢斯的副手法比乌斯。罗马人的压迫此时早已激起了普遍的不满情绪，人们纷纷聚集在米特拉达梯的周围。结果法比乌斯被彻底打败，不得不退守进卡布里亚要塞。第二年公元前67年的春天，另一位罗马将军特里乌斯也被打败了，而且他的这场惨败是罗马军队长期以来损失最终的一次，一共阵亡了7000多人，其中很多是军官，连他们的营地也被占领了。
卢库卢斯从亚美尼亚赶来，结果阻止了米特拉达梯的进军。米特拉达梯撤入小亚美尼亚，坚守在那里等待提格拉尼斯的到来。
此时卢库卢斯的进军却由于自己士兵中的暴动和不满情绪而陷于瘫痪。这些骚动多是由于P.克洛狄斯开足马力的煽风点火而发动起来，这些事情也得到了罗马城内那些煽动者们的鼓励，他们正钟情于刚刚被骑士派争取过去的庞培，在叫嚷着对卢库卢斯不利的各种指控。他们指责他发动战争是为了个人的利益，要么是出于野心，要么是出于贪婪。而那些士兵们，则是卢库卢斯不让他们劫掠而被挡了财路。在这样的形势下，当提格拉尼斯到来时，这两位君主发现他们已经可以收复整个本都和卡帕多启亚而不会遇到任何抵抗了。
当罗马派出来的把本都变为行省的使节抵达亚洲时，他们看到的就是这样的情景。他们只好向元老院报告说那些本来已经被征服的地方现在又回到了敌人的手中。卢库卢斯的对手们很自然的立刻抓住这个机会，于是通过了一向法案，将比提尼亚行省还有与米特拉达梯作战的指挥权交给当年的行政官之一，阿奇利乌斯·格拉布里奥。
但格拉布里奥并没有能力完成交给他的这项任务。在抵达比提尼亚以后他也没有打算接过指挥权，而是呆在自己的行省内，他甚至还侮辱了卢库卢斯，因为他向士兵们发表声明说他们的将军已经被停职，因此他们也无需再服从他的命令了。这样，到了公元前67年年底，卢库卢斯不得不痛苦地看着米特拉达梯再一次建立他的统治。第二年即公元前66年的春季卢库卢斯被召回，将指挥权交给刚刚成功地消灭了海盗的庞培，这使得他更加难堪。
地中海自古以来就海盗横行，从很早的时候这些海盗就称霸海上，纵横三大洲之间，在无数的水道和岛屿之间穿行，这些既对海盗们是极大的诱惑，也为他们提供了极大的方便。不仅如此，因为罗马的社会战争和内战的缘故，长期以来一直没有一支舰队维持海上的秩序，这使得海盗活动达到了顶峰。海盗们在地中海各地都拥有自己的舰队，他们经常性的洗劫海岸边的富裕的城市，他们居然还曾经上过罗马的阿披亚大道，杀死地方行政官员和他们的随从。这样一来，罗马与其行省的交通便被切断了，或至少是受到了严重的威胁。罗马赖以生存的载满谷物的船只无法再抵达城里，城内必需品价格飞涨。这样的形势已经变得令人无法容忍，所有的目光都投向了庞培。
公元前67年年初，保民官A.盖比尼乌斯推动了一项旨在授予庞培在罗马的绝大多数地方都有绝对权力的法案。根据这项法案，人民应该推选一位具有执政官地位的人，这个人在整个地中海地区将拥有无限制的权力，为期三年。他将指挥一支有200艘军舰的舰队，以及他认为所必须的全部的士兵和水手，还有6000阿提卡塔兰特的金钱。法案并没有提到庞培的名字，不过大家都知道这人是谁。贵族派们警觉起来，在元老院只有恺撒一人表示支持。党派之争达到了白热化，伴随着严重的暴力行为。甚至连执政官都威胁庞培说，“你想做罗慕路斯，你也逃脱不了罗慕路斯的结局”。Q.卡特鲁斯和Q.赫腾希乌斯则通过滔滔不绝的雄辩来反对这项提案，可是也没有效果。在法案通过的当天罗马生活必需品的价格就下跌了，这反映了各派都对庞培的军事才能信心满满这一事实。
庞培精心筹划，最终大获全胜。他派自己的副将们带着各分队驻扎在地中海各处，防止海盗们会合在一起。然后从一个个海湾、水道将海盗们从他们的藏身处赶出来。同时庞培自己亲率舰队的主力扫荡地中海中部，将海盗们向东驱赶。在四十天内他就把所有的海盗赶出了西部海域，恢复了西班牙、非洲和意大利之间的交通。然后他在意大利稍事停留，接着从布伦迪西乌姆出发，一路扫荡，将全部海盗驱赶到了西里西亚海岸边。在这里进行了决定性的战役。海盗们被全歼，两万多人做了俘虏。这些人当中那些可以比较信赖的被安置在西里西亚的小岛和人口稀少的城市，剩下的大多数人则被安置在索里，这个城市也因此改名为庞培波利斯。战役的第二阶段只持续了四十九天就结束了，而整场战争则只用了三个月的时间。
庞培在这一年剩下的时间一直呆在西里西亚，直到第二年年初。这时保民官C.曼里尼乌斯已经提出了一项议案，把米特拉达梯战争的指挥权交给庞培，包括在东部的陆军和海军的绝对权力以及在整个亚洲远至亚美尼亚的相等于自身执政官的权力。盖比尼乌斯法案早已经赋予他全部地中海沿岸和岛屿的自身执政官的权力，再加上这个法案，实际上整个罗马的统治权都交到了他的手上。人民是如此的信赖他们的英雄，无论这个权力有多大，他们都已经准备好要交给他。虽然赫藤希乌斯、卡特鲁斯以及贵族派进行了反对，这项法案毫无困难地就获得了通过。西塞罗发表演讲表示支持，这份演讲今天也保留了下来。恺撒也充分运用了他不断增加的人望和影响力进行了支持。
庞培一接到这项任命，马上就翻过托罗斯山脉，从卢库卢斯手中接过了军队的指挥权。
米特拉达梯的力量因卢库卢斯之前的胜利而被削弱，他后来取得的一些胜利不过是暂时的，这主要是由于罗马军队自身缺乏组织。
庞培则在战役组织方面表现出了极高的军事才能。他采取的第一个步骤就是巩固与帕提亚国王的同盟，这样一来，不但米特拉达梯不能再指望帕提亚的援助，而且，他从提格拉尼斯那里获得增援的途径也被切断了，连提格拉尼斯本人都要担心自己王国的安全。接下来庞培把他的舰队分成若干个分队，沿小亚细亚的海岸部署开来，目的是切断米特拉达梯的海上联系通道。然后他便亲率陆军前往向国王挑战。
米特拉达梯国王被迫退回到自己的领土上，他表示求和，但庞培只接受无条件投降，结果双方的谈判破裂。虽然国王此时还拥有3万名陆军和2千匹马，不过他深知罗马军队的强大，因此不敢贸然与之交战。就这样他慢慢地撤回了自己的亚美尼亚边界。很长的时间内他都避开了罗马军队的势头，可是最终他还是在小亚美尼亚的一个狭窄山谷里行军时遭到罗马军队的突袭。战斗是决定性的，国王损失了大部分的军队，只带着少数骑兵逃到了大亚美尼亚边境上的堡垒辛诺里姆。在那里他再次集结起一支大军，不过这次提格拉尼斯拒绝他进入自己的国土，因为他怀疑米特拉达梯唆使自己的儿子反对自己。米特拉达梯没办法，只好向更远方的自己的属地辛梅里安.博斯普鲁斯奔去。要抵达那里他就必须要通过科尔基斯，还要在占据着高加索与攸克星之间的那些野蛮民族之间杀出一条路来。米特拉达梯虽然历经艰险，不过还是成功地于第二年安全抵达了博斯普鲁斯。庞培则暂时放弃了追击这位逃跑的国王的念头，而是马上掉头进攻提格拉尼斯，因为此时提格拉尼斯较之米特拉达梯更为强大。
庞培进入亚美尼亚时没有遇到多少抵抗。小提格拉尼斯起来反对自己的父亲，并且加入了庞培一边，他们的军队所到之处所有的城市都投降了。他们到达热阿夏纳城下的时候，早已被自己的军队和大臣们抛弃的提格拉尼斯从城里走出来，他跪到在庞培的脚前哀求他。庞培则热情的对待他，仍然让他做亚美尼亚的王，而且只要了六千塔兰特的赔偿。不过那些被提格拉尼斯占领的土地，在叙利亚，腓尼基，西里西亚，加拉提亚和卡帕多启亚，包括后来被卢库卢斯所征服的，现在都成了罗马的了。他的儿子小提格拉尼斯则被给予了索芬尼和格尔蒂恩作为独立的王国。但年轻的王子对这种安排不满意，甚至口出威胁，于是庞培便将他逮捕，用绳索系着他来装点自己的凯旋式。
在解决了亚美尼亚的事情之后，庞培便向北追击米特拉达梯。他在居鲁士河的河边扎营过冬，第二年春季即公元前65年继续向北行军，并到达了法细斯河，在这里他得到了更多关于米特拉达梯的活动的情报，考虑他要前往追击米特拉达梯国王的地方非常荒凉，难以进入，于是庞培便返回头，在攸克星的阿米苏斯扎营过冬。他现在已经把本都王国变成了罗马的一个行省。
公元前64年庞培进入叙利亚。他废黜了国王安条克十三世，将叙利亚变成了罗马的一个行省。他也驱逐了那些在叙利亚王国的废墟上建立了独立王国的那些王子们，将这些领土统统归入罗马。平定叙利亚以及周围地区用了整整一年的时间。
第二年，公元前63年，庞培继续向南，以便在腓尼基、柯里叙利亚和巴勒斯坦建立罗马的统治。巴勒斯坦当时正限于许干和阿里斯托布鲁斯两兄弟间的内战。庞培站在许干一边，当庞培率军来到耶路撒冷城下时阿里斯托布鲁斯只好投降。但耶路撒冷的人民拒绝跟随他们的国王，结果这个城市在经过了三个月的围城之后才被攻下。庞培进入了犹太圣殿，这也是第一次除犹太大祭司外有人类进入圣殿。庞培恢复了许干大祭司的位子，但是要求他每年都要向罗马上贡。阿里斯托布鲁斯做作做为囚犯被庞培带走。也是在这段期间庞培得到了米特拉达梯已死的情报。
在过去的两年当中米特拉达梯一直在进行着大规模的战争准备。他的大胆的计划包括了沿攸克星北部和西部海岸的行军，甚至还计划讀海进入意大利。为此他忙于集结大军，准备为这次远征所需要的一切。他的计划因为一场大病而延误了一些，而且这场病也使他身体受到影响。不过最终他还是完成了全部的准备工作。他现在率领着一支3万6千人的大军和一支庞大的舰队。
可是，就在他生病期间，他的追随者中间的不满情绪也在增长。虽然他的整个计划可能只是和少数人讲过，但是有些消息漏了出去，引起了许多人的警觉。米特拉达梯最喜爱的儿子法纳西斯于是开始了暗中策划。很快整个潘提卡彭的公民和军队都加入了进来，他们都支持法纳西斯为王。米特拉达梯眼见除了死和被俘以外没有任何选择，于是他选择自杀。他吞下了自己总是随身携带着的毒药，可能是因为他长期服用解药的缘故，毒药并没有起作用，他只好召唤一名高卢雇佣兵用剑了结了自己。
庞培现在把全部注意力都放在了安排亚洲的事务上。他确认米特拉达梯的儿子法纳西斯拥有博斯普鲁斯王国。加拉提亚的国王奥塔鲁斯也得到了奖励，他的领土得到了扩张。卡帕多启亚的国王阿里奥巴里赞也恢复了王位。
在离开七年以后，庞培于公元前62年年底回到了意大利。各派别各怀鬼胎，半希望半恐惧地期待了他很久。人们都觉得正率领着一支胜利之师的庞培一定能像苏拉那样，成为国家的统治者。在他不在的这段时间意大利发生了非常重大的事件，因此我们有必要在随着庞培入城前先讲述一下这个事情。