土地政策与“兵农分离”
丰臣秀吉将全国土地集中在手里后，一部分作为直辖领地，另外大部分土地则封赐各大名，称为知行国(封地)，受封者有统治知行国的特权。当时拥有土地的多少是用稻米产量的石数来表示的。天正17年(公元1589年)的全国稻谷总产量为1，580万石(壹吱、对马除外)。那年丰臣的直辖地为46国、产稻200万石，占总产量的九分之一强，封赐各大名的领地则占总产量的九分之八，其中最大的大名德川氏领地产稻约250万石，上杉氏和毛利氏各100万石。在土地领有方面丰臣虽不占绝对优势，但他同时直辖界、京都、大阪、博多等商工业最发达的城市和贸易港，还控制佐渡、生野等金、银矿，因此他的经济实力远远胜过各大名。
由于大名知行制的确立和全国范围内“本百姓”(自耕农)小农经济的出现，从此在，日本形成了马克思所说的“纯粹封建性的土地占有组织和发达的小农经济”。[注1]这种单婚小家族—；小农经营体比复合大家族——家内奴隶制经营体优越得多，提高了农民的生产积极性。丰臣政权对这种小农经济的出现首先加以承认。
这种小农经济是与秀吉实行的土地政策分不开的。织田信长死后不久秀吉就开始施行“太阁检地”，文禄3年(公元1594年)正式规定全国划一的土地制度：将过去不统一的一间的长度定为6尺3寸；960步一反改为300步一反；田地分为上、中、下、下下四等，各规定标准产量——石数，即上田为1．5石，中田为1．3石，下田为1．1 石，下下田另行规定；以标准升“京升””统一各地区不相同的旧升；以标准产量的石数的三分之二收取年贡；尽量贯彻“一地一作人”[注3]的原则。以上是“太阁检地”的主要内容。丰臣秀吉对检地的贯彻非常坚决，在给地方的“朱印状”(盖有红色将军官印的执照)中明确指示：不管是城主；土豪还是百姓，凡敢反抗检地者，全部杀掉，即使整个一乡或两乡也当如此。[注4]
太阁检地在兵农分离体制方面是以编成军队为目的的一大土地改革，同时也是根本否定古代封建制即本领(世袭私领)制的一大事业。因为本领是土地私人所有的最强烈的形式，而太阁检地是把本领收为公有，以领主本国为根据，将全国领地集中在秀吉手中，连旧家臣的知行地都属于秀吉所赐的“恩领”。[注5]
在检地的同时，天正16年(公元1588年)丰臣秀吉借口铸造大佛需用钉锯，发出《刀狞令》，没收民间所有的“长刀、腰刀、弓箭、长枪、步枪及其他武器”。下令后一月，仅在加贺江沼郡就没收了长刀1013 把、腰刀1540把、枪矛160支。实行刀狩是害怕农民“拥有不必要的武器，一旦难纳年贡，势必发动起义。”[注6]同时也为使检地顺利进行，并通过它达到“兵农分离”的目的。天正19年(公元1591年)8月丰臣氏发布《身分统制令》[注7]，进一步明确实行“兵农分离”到确立身分制的政策。这就是禁止农民转变为武士，强制耕作，即使大名领地改变了，农民也不得擅离原村，将农民束缚在土地上。还规定手业者和商人也不得变更职业。相反，武士则失掉土著性，须跟随主君移动，集中住在大名城下，成为镇压人民的职业军人。这样，以(武)士为统治阶级，农、工、商为被统治阶级的“四民”封建等级制便确立了。
商工业政策
织、丰政权的集权统一政策，在商工业领域也有鲜明反映。为促进商业发达和城市繁荣，织田信长曾规定了“乐市”、“乐座”之制。这是战国大名本已采用的政策，织田更予以推进，在建筑清州、歧阜、安土等城下町时，规定凡制定城下町条例必须加进此项。天正5年(公元1577年)6月，他为安土城下町制定《乐市乐座令》13条。该令的基本内容是否定“座”的特权，奖励商人来此定居，免除土木工程的徭役负担，消除对“德政”的不安，保障治安、免除房屋税等等。丰臣秀吉也继承了这个政策，如天正13年(公元1585年)对京都诸座下令废止座头职等中间剥削权，公元1587年下令废止奈良、大和郡山的一部分座，公元1591年下令废止以京都、奈良的座组织为一般原则。但是乐市、乐座并非意味交易上的完全自由，从政治上说，推行这个政策主旨是把商工业者从寺社、庄园领主的隶属下解放出来，使处于织田、丰臣控制下，确保商业利益，加强自己的权力。例如丰臣筑大坂城时曾强制把一部分界和京都市民移住大扳；许多城市变为丰臣氏的直辖地，不承认城市自治，町人的自治组织被统治城市的机关取而代之。
交通政策和货币政策也是织田、丰臣发展商工业政策的一部分。织田曾于水禄11年(公元1568年)撤销其势力范围内的关卡(“关所”)，禁征“关钱”。此举既为打击关卡的设立者寺社和庄园领主的势力，又为便于商人自由往来，发展商工业。丰臣继此政策，这公元1586年止，废除了全国的关卡。织田作为整顿交通设施的一部分，修补道路，架设桥梁，丰臣则统一1里为36町。稳定通货是发展商处所必需，信长于水禄12年(公元1569年)公布了《择钱令》[注8]，规定“善钱”(良币)、“恶钱”(劣币)的交换比率，秀吉更改铸统一货币，同时开发石见、佐野、生野等金银矿。为发展海外贸易，秀吉于天正16年(公元1588年)发布《海贼取缔令》。文禄元年(公元1592年)实行“朱印船贸易”，授予长崎、京都、崭的商人以朱印状(幕府特许证)，以资保护。还统一了度量衡制，其规定有的一直沿用至今。
对天主教的政策
丰臣秀吉的天主教政策也以加强中央集权为主旨。织田信长为利用天主教对抗一向宗农民起义和获得贸易利益，对天主教曾采取保护政策。秀吉最初也采取了同一政策，但天正15年(公元1587年)他在征服九州时看到外国教士对九州部分大名的强烈影响和长崎成为教会领地的情况，大为吃惊，恐危及自己统治。尤恐天主教在农民中传播会招致一向宗起义那样的后果，所以立即将长崎收为直辖地，禁天主教传教，驱逐外国教士出境。他虽然放逐了传教士，但这时还是承认人民对天主教的信仰，允许葡萄牙人通商。及至庆长元年(公元1596年)，一艘西班牙船只漂流到土佐海岸，秀吉察悉西方国家有利用传教侵略日本的野心，[注9]便把传教士和日人信徒26人在长崎处死。这就是日本镇压天主教的开端。
秀吉的这种政策还利用所谓“神国”思想来煽起人民的排外情绪，他宣称，日本的国土及其上一切事物都是神创造、成长和保护的。天正17年(公元1587年)的天主教禁令中说，“日本是神国，不许天主；教国家传播邪教”，“天主教国家的人以日本人为门徒，破坏神社佛阁，这是前代未闻的”。1591年秀吉写信给葡领东印度总督说，“我国是神国，神是万物的根源”。[注10]
信长、秀吉经过一系列的征服战争，结束了群雄割据的战国纷乱局面，实现了国家的统一，摧毁了庄园制度，这些对尔后日本经济文化发展都有很大作用。作为历史人物，他们都是镇压人民的凶手，但同时又不失为封建的军事家和政治家。