中央与地方机构的设置
在源平战争中，源赖朝消灭平氏后成为左右国家政局的人物，但是他并没有接管京都政府，而是致力于在关东建立和巩固自己的政权。在内战中他就确定形势险要的镰仓(神奈川县东南部)为根据地。承治4年(公元1180年)在此设军事警察机关“侍所”，由源赖朝的亲信和田义盛(公元1147年—公元1213年)任长官“别当”，平时统领“御家人”， 战时以“军奉行”身份指挥军队。寿永3年(公元1184年)设行政机关“公文所”(后改称“政所”)，从京都请来老练的政治家大江广元(公元1148年—公元1225年)充任长官“别当”，掌管幕府的行政事务。该年又设司法机关“问注所”，长官“执事”由京都请来的法律家三善康信(公元1140年—公元1221年)担任，处理诉讼、审判事宜。至此，幕府的政治机构初具规模。
图 后白河法皇影视形象
京都的后白河法皇为削弱源氏势力，文治元年(公元1185年)即平氏灭亡之后，命源义经征讨源赖朝。但源赖朝反过来成功地迫使后白河法皇发出追捕义经的院宣，同时迫使法皇承认他拥有在各国设置“守护”(初名总追捕使)，在全日本所有庄园、公领设置“地头”的权力。这两种职务都由源赖朝的亲信武士“御家人”(家臣)充任，朝廷无权过问。守护是各国的军警头目，原则上一国一人，也有一人身兼数国的。其任务，平时同以前朝廷任命的押领使、国检非违使一样，武装维护封建秩序，监督“御家人”履行轮流警卫京都和镰仓的义务(“京都大番役”、“镰仓大番役”)，战时则统率国内地头、“御家人”出征。守护并无特别报酬，一般都兼地头之职，以此取得收入。“地头”是庄园的监管人，为庄园领主和国衙征收租税和维护秩序。地头之中属于原来作为开发领主拥有领地而现在又获得“地头职”的所谓“本领安堵”的地头，继续取得原来所得；新任命的所谓“新思”的地头则获得“给名”、“给田”，同时这两种地头还都有权以征集“兵粮米”(军粮)的名义，按每段(反)5升的标准为自己从庄园和公领征收稻谷。
紧接着，源赖朝放逐了京都朝廷中对他抱有敌意的贵族，派进“京都守护”监视朝廷；在边远地九州设“镇西奉行”。文治5年(公元1189年)源赖朝在迫使窝藏源义经的奥州藤原泰衡杀掉源义经之后，立即又讨灭泰衡，设“奥州总奉行”。这样，他就掌握了全国大部分地区的军警权力。建久3年(公元1192年)旧势力的顽固捍卫者后白河法皇死去，源赖朝被任命为“征夷大将军”，取得了他渴望已久的军人最高头衔。至此，镰仓幕府名副其实地建立起来，开始了日本历史上军人专政的幕府统治时期。
幕府的原意为军幕、帐幕。《史记·李牧传》的《索隐》引崔浩云：“古者出征为将帅，军还则罢，理无常处，以幕帘为府署，故曰幕府。”在日本，幕府是指将军(征夷大将军)的府署，又是将军的异称，从镰仓时代起，以武士为统治阶级的武家政权都称幕府。
幕府的经济基础
幕府统治的物质基础是附以各种名称的庞大的“关东御成败地”，即将军的管辖地(“关东”指幕府将军，“成败”意为“处分”)。它主要由“关东御领”、“关东御分国”和“关东进止所领”构成。“关东御领”没收源平两氏领地而由朝廷赐给源赖朝的，包括散在全国各地的500多个庄园。“关东御分国”是朝廷授予源赖朝的知行国(封地)，其内容同庄园的知行并无不同，最初计有伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总、丰后等9国，后来丰后除掉；各国的国司由幕府推荐的御家人担任。将军这两部分管辖地的收入是幕府的主要财源。“关东进止所领”是指将军拥有授职权的那些国衙领和庄园领地。
与京都朝廷不同，镰仓政权的社会阶级基础主要是在乡领主和那些拥有一定经济实力的名主等中小土地所有者，而它的主要政治军事支柱则是“御家人”。御家人是源赖朝在征讨平氏过程中同他结成封建主从关系的武士，即将军的家臣。如前所述，御家人原来都是一些在乡领主、庄官、名主，跟随源赖朝参加内战，为的是他们不为京都贵族政权所承认并在贵族庄园制下极不稳定的土地所有权能得到确认。源赖朝保证了御家人原来的土地所有权，有的还赐与新的土地，并通过守护地头制的建立使之获得法律根据。对于将军的这种“御恩”，御家人须为将军“奉公”，即平时值卫京都、镰仓，战时率自己的一族舍身疆场，玩忽奉公义务就有被剥夺其御家人地位及其土地所有权的危险。于是在将军和御家人之间就通过“御思”、“奉公”的关系建立起牢固的封建主从关系。
为增强幕府经济实力和谋求御家人的利益，源赖朝和幕府鼓励开荒，扩大耕地面积，为此曾制定大规模开发关东的计划，责成所在地头执行。鉴于平安贵族推行渴泽而渔政策招致农民反抗的历史经验，赖朝也采取了若干安定民生的措施，如减免部分地区贡租等。这些政策和措施有利于生产的发展。为了要保持一支效忠于己的善战军队，他还一再告诫部下要过检朴生活，反对奢侈浪费。
公武两重政权
源赖朗通过守护地头制度的建立，把朝廷(院)掌握的军事机构和一定程度的行政权限夺到武士手里，削弱了贵族力量。但是他没有摧毁朝廷的统治，相反，文治元年(公元1185年)他上书朝廷，宣誓忠诚，表示仍然尊重朝廷作为国家最高权力机构的地位。他没有剥夺资族的经济基础——庄园制，对它采取的不是否定，而是予以承认和保护的政策。
镰仓政权无疑是武士政权，它的建立扩大了武士的经济利益，提高了他们的政治社会地位，但这些都有一定限度，远末满足他们的要求。当他们要越过源赖朝前进而有可能危及整个封建秩序时，便受到源赖朗的干预，被制止肆意剥夺庄园，不听从者甚至被加上“蓄意谋反”的罪名而被剥夺领地。另一方面，作为皇族的后裔，如今又作为一个新兴大庄园领主的源赖朝，同皇室贵族在政治上和经济利益上有着千丝万缕的联系，对朝廷采取回避正面对立的妥协政策。例如就在他获得在全国设置守护地头权的第二年，由于朝庭反对，便不得不把设置地头的范围收缩，而仅限于从平氏和“谋反人”那里没收来的领地并停止“兵粮米”的征收。
这种妥协政策也体现在两个政权的权力分配方式上。幕府方面的权力是大部分地区的军警事务、源赖朝的御家人及御家人控制下的农民，因此凡属这种武家事宜统由幕府管理，即使在朝廷的势力范围内朝廷也无权过问。反之，属于朝廷权力的行政和司法，即使在幕府范围内，朝廷仍得照例行使其权力。于是在全国许多地方出现了两个政权的重叠现象。这种所谓公武两重政权的政治体制是适应从平安末期到镰仓初期特殊的阶级斗争形势而产生的。
作为两个相对独立的政权，幕府同朝廷是对立的，但在共同维护封建秩序的前提下两者又是互相依赖的，因为朝廷需要幕府的武力，幕府需要皇室和朝廷的精神权威。