第三代将军足利义满(公元1358年—公元1408年)统治时，是足利幕府最强盛的时期。天授4年(北朝永和4年，公元1378年)他布京都的室町修建了一所华丽的邸宅，广植花卉，时人称之为“花御所”，幕府政所移到这里，从此有了“室町幕府”之称。在此之前，义满消灭了九州方面的南朝军力，进一步孤立了南朝。但是随着守护大名势力的增大，幕府同守护大名间的矛盾加深。守护大名竟干预幕政。天授5年(北朝康历元年，公元1379年)义满在一些守护武力的威胁下不得不忍痛解除他的功臣细川赖之(公元1329年—公元1392年)的管领职务。义满极力抑制那种守护大名干预幕政的倾向，把打击目标主要集中于足利氏以外的超级守护大名身上。元中7年(北朝明德元年，公元1390年)，义满乘身兼三国守护之职、雄踞东海地方的土歧康行一族内江之际，将他打倒，史称“美浓之乱”。次年，他又制造借口，挑起同以山阴地方为中心、控制全日本六分之一土地、身兼11国守护职的山名一族的战端，并把他们消灭，史称“明德之乱”。元中9年(北朝明德3年， 公元1392年)他迫使已经完全无力的南朝天皇退位，保留北朝天皇，实现了全国的统一。应永6年(公元1399年)义满又挑起了同大内义弘(公元1355年—公元1399)年的战争，消灭了他，史称“应永之乱”。大内义弘曾是幕府的功臣，身兼六国守护之职，是中国地方最有势力的守护大名。
图 足利义满是一休和尚成长时期的日本主要掌权者
武力讨伐的成功并不能解除义满对守护大名的担心。应永5年(公元1398年)，幕府确定“三管领：、“四职”之制，即规定次于将军的要职“管领”由出身足利一族、拥有实力的守护大名纫川、田山、斯波三家轮流担任，即所谓三管领；次于管领的要职“侍所”长官“所司”由京极、一色、山名、赤松四家交替担当，即所谓四职。此举无疑是为防止强大的守护大名世袭权力的发生并使他们互相牵制，以便使室盯幕府在守护大名永处均势下保持自己为首地位。但它的地位并不稳定，即使在义满统治期室盯幕府也始终没有达到象镰仓幕府那样的集权程度。
在义满后继者的统治年代里，成长为大封建领主的守护大名势力的发展，导致地方分裂主义倾向日益增强。镇守关东地方的特殊行政长官关东管领尽管是足利氏一族的人，也仍然对幕府保持着极大的独立性，甚至规舰将军职位。第六代将军足利义教（公元1394年—公元1441年)虽在水享11年(公元1439年)消灭了关东管领(“永享之乱”)，但并没有导致幕府地方权力的巩固。将军家内部、和将军家接近的封建领主之间以及地主封建主之间的冲突不断发生。
来自幕府直辖地(“御料所”、“料所”)的收入是幕府的主要财源。据《诸御料所方御支证目录》及其他史料得知，散在日本各地的直辖领地约200余处，但收入不详。显然，在幕府财政支出日益增多的情况下，入不敷出。于是幕府在交通要道设关口，即所谓关所，对人、马、货物征收关税；在码头、渡口设卡、征收码头税、渡口税，即所谓津料。明德4年(1393)幕府定“仓役”、“洒屋役”。“仓役”是对经营高利贷的“土仓”(当铺)按收取抵押品的多少课税。“酒屋役”是对兼营高利贷的酿酒业者按酿酒坛数课税。这两种课税成为幕府的重要财源。义满、义教之时年课4至12次不等。此外幕府还征收土地税(“段钱”)和房税(“栋别税”)。