自从水稻传入日本以后，很快普及到全日本。绳纹时代中期，村落开始向平地转移，这与种植水稻有关。弥生时代水稻栽培逐渐成为农耕社会的基础。
当时水田一般选在能够自然灌溉和便于使用木制工具的沼泽地和海岸丘陵背后的低湿地。但弥生后期随着铁器的增多和生产技术的发展，能在平地上修渠引水种水稻了。一般西日本是开垦冲积乎原；东日本较之落后，以利用自然地形为主。水稻的播种方法是直播，收割方法是摘取稻穗，脱谷制米则用杆臼。人们还掌握了施肥方法，把青草和堆肥踩入水田作为肥料。战后发现了福冈市板付机场附近的板付水田遗址和静冈县登吕水田遗址，给我们提供了宝贵的实物证据。
板付水田遗址属于弥生前期，是一个使用“板付I式土器”的村落，建立在台地上，周围是水田。现在还有许多排水和巩固田埂的木桩。水田很有规划，已具现代水田的雏形。
图 板付遗址
登吕水田遗址属于弥生后期，是一个有12个居住地和2个“高架仓库”的村落。居住地长约8公尺，宽约6公尺，用4根柱子支撑屋顶。每个居住地平均可住5、6人，全村拥有50、60人。水田总亩积约66000平方公尺。这样大规模的水稻生产的村落，全日本有多少个无法推测。据研究，弥生时代的水稻产量相当于现在的一半，登吕水田的年产量为9至18干公升。
图 登吕遗址