藤原氏摄关家的腐朽统治遭到人民强烈的反抗，同时也加深了统治阶级内部的对立。170余年以来第一次不以藤原氏为外戚的后三条天皇(公元1068年—公元1072年在位)，已不满足于充当贵族摄关政治装饰品的地位，力图摆脱藤原氏的掣肘。他反击藤原氏的计划，与那些在藤原氏统治下被封闭了仕途、不能发展的庄园中下级贵族们的意图不谋而合。后三条天皇就和那些反藤原氏势力共同策划整顿庄园，以摄关家所拥有的庄园为整顿的主要对象。延久元年(公元1069年)2月22日提出《延久庄园整顿令》，规定宽德2年(公元1045年)后建立的庄园一律废除；在此以前建立的庄园如果妨碍国务或立庄证据不足也要废除。10月设“记录庄园券契所”(简称“记录所”)，责成大江匡房(公元1041年—公元1111年)主持所务。这项大规模的庄园 整顿工作虽然受到藤原摄关家的严重干扰，还是收到一定效果。后三条天皇还进行了其他经济政治改革，如为了统一计量单位作成“宣旨研升”，禁止国司重任等。天皇在位4年就让位给白河天皇，不久死去。
图 后三条天皇
白河天皇(公元1073年—公元1086年在位)为了夺取摄关家的权柄，摆脱藤原氏势力的控制，扶植新兴势力——武士集团，在位14年后，于永保3年(公元1086年)让位给掘河天皇，以上皇(太上皇)资格在院中听政。
此即院政之始。院政不为旧的烦杂仪式所束缚，按上皇意志行事。行使院政的最高机关是“院厅”，起用身份较低而有能力的人作“别当”、“年预”、“判官代”、“主典代”等院司(职员)，执行政务；并且利用经过长期斗争已经上升为一种政治势力的武士团作为院政的武力支柱。白河院利用了先失势于关东而后又复兴于伊势的乎氏武士团，把招拔来的武士安置在该院御所(宫殿)朝北地方，以资保卫，称为“北面武士”。上皇颁布的沼令称“院宣”，其效力胜过天皇所颁的沼救。白河院之后，院政已成惯例。白河上皇(公元1087年—公元1128年院政)、乌羽上皇(公元1129年—公元1156年院政)、后白河上皇公元(1158年—公元119年2院政)共执政105年，在此期间摄政关白继续存在，但已是有名无实。因此，这百余年问是日本历史上惯称的“院政时期”。
院政打击了摄关政治，然而在本质上和摄关政治并无不同，同样是保守的大封建庄园领主的政权。院集中了很多知行国，而且每提出一项庄园整顿令，庄园便集中于院手中。历代上皇和摄关家一样，也耽于奢靡，营造华丽的离宫。三个上皇都迷信佛教，出家当法皇，兴建法胜寺等许多大寺院，多次到熊野和高野山参拜。为了弥补财政的巨大消耗，大搞卖官政治，按刮民财。于是后三条天皇时刚出现的一点革新精神，旋即丧失殆尽。
与此同时，农民则不停地进行战斗。公元1149年，皇室领地的河内石川农民数百人，抬着装载稻谷的轿子拥到宫中，要求免除名田的一切课役。这已经不是控诉官吏非法的问题，而是要求免除封建负担的问题了。人们对于院政的残暴腐朽统治如此憎恨，甚至认为连降雪和寒冷都是“苛政过甚”的缘故。